我们认为，新设立的侦查机构应对各级人民代表大会负责，上级侦查机构直接领导下级侦查机构的工作，并可以根据本地区的实际情况制定本地区的相关地方性规章。独立性是我们设立该专门的侦查机构的首要考虑，也是职务犯罪侦查工作的关键所在。例如，美国联邦道德署于1989年成为独立机构，署长由参议院批准，总统任命，任期五年，超过总统的任期，以保持其独立性。又如，根据波兰宪法和《最高监察院法》的规定，最高监察院就是一个独立于总统和政府的国家监督机构，向议会报告工作。再如，各国的监察专员均与行政机关、立法机关、司法机关没有任何隶属关系。其职能独立，公职自主，国会议员、内阁官僚、公务员等不能对其指手画脚。{12}因此，新设立的专门侦查机构应当是一个独立于行政机关和其他司法机关的独立机构，自成体系，实行垂直领导，中央一级的侦查机构的领导由全国人民代表大会选举产生，向全国人民代表大会负责。地方各级侦查机构的组成人员应当由中央侦查机构的领导人提名，由地方各级人民代表大会任命，以保障该侦查机构能独立地行使侦查权。
2．规定专门的职务犯罪侦查机构对职务犯罪的侦查权
侦查是公诉的前提，也是法院公正审判的基础。侦查过程中，必然涉及到侦查手段的采用。职务犯罪由于其特殊性，法律对此应作出特别规定。首先，法律应作出一般规定，该专门侦查机构对职务犯罪拥有侦查权，可以采取一般侦查措施。例如，可以采取拘传、取保候审、拘留、逮捕等强制措施，可以进行讯问、搜查、扣押等。其次，规定该专门侦查机构在办理职务犯罪过程中，可以采用秘密监听、窃听、使用线人等秘密侦查手段和措施。这主要是由职务犯罪案件的特殊性质决定的，是反腐败斗争的客观需要。从国外有关法律规定来看，许多国家和地区的职务犯罪侦查机关都享有秘密侦查权。例如《德国刑事诉讼法典》第110b条规定，检察院在侦查过程中，根据案件需要，有权决定派遣秘密侦查员。第100b条和第100c条又规定，在紧急情况下，延误就可能影响侦查结果时，检察院有权临时采取监视电信通讯、窃听或录音录像等技侦措施。{16}
3．加大对该侦查机构的人员、资金、物品等的投入
充足的人、财、物是反腐机构运行的必要保障，正是由于当前检察机关的人、财、物被地方控制，才导致了检察机关“地方化”趋势不断加剧。有学者指出：“检察机关的人财物受制于地方，当其饭碗挂在政府的锅上时，就不得不屈从于当地的权势阶层。”{17}所以，组建新的专门侦查机构必须保证其有充分的、自主的人事权和财物权，保障其独立行使职务犯罪侦查权。我们认为，该专门侦查机构的人事和经费应当由中央侦查机构统一编制和制作预算，由全国人民代表大会审议通过。地方各级的人事编制和经费，由中央侦查机构根据各地的具体情况进行统一控制和分配。例如，波兰最高监察院的财政预算单列，一般比其他部门的预算高，由议会审议通过，财政部无权削减。最高监察院院长由众议院任免，不带有任何政治色彩，不得担任其他任何公职。{12}在香港，廉政公署的经费是以独立开支总目的形式交特区政府长官（1997年7月前为总督）审批，从政府每年的预算中拨出。而且，廉政公署给与其职员的工资比较丰厚，有利于吸收优秀的专业人员，而且也有利于避免公署内部职员的腐败。
4．健全监督机制，防止系统内部的腐败
首先，应健全系统内部的监督。我国历来重视系统内部的自查自纠，例如党的纪检组织对违反党纪的党员进行监督，政府监察部门对政府内部违反行政纪律的公务员进行监督，这种内部监督在我国历史上和现代都发挥着重大的作用，所以我们应坚持并完善这种监督。我们认为，该专门的侦查机构应建立一个内部监察机关，负责调查本机构内部的贪污贿赂等职务犯罪和违纪行为。例如，香港廉政公署内部有一个监察和调查单位，以确保其职员的廉洁及诚信。其中，廉政公署内部的调查和监察小组（L小组），负责调查涉及廉政公署职员的违纪行为、贪污指控和非刑事指控。{18}
