中国这一赔偿义务机关的设置模式存在很大的弊端，司法实践中常常将国家赔偿与机关赔偿相混淆，导致赔偿义务机关常常出于面子、业绩等原因回避、拒绝赔偿，或者使用本机关的“小金库”垫付了赔偿费用后却不向财政部门申请核拨，从而一方面使受害人获得赔偿的难度加大，另一方面国家赔偿金却大量闲置。其实，不论是哪个国家机关作为赔偿义务机关，这种赔偿责任都是国家机关内部的责任分配问题，国家才是赔偿责任的最终承担者。因此，具体由哪个机关承担赔偿责任仅仅与追偿有直接关系，与赔偿责任是否成立以及受害人赔偿请求权是否成立没有直接关系。为了改善中国刑事赔偿的现状，我们建议将赔偿义务机关与侵权行为机关分离开来，由特定的赔偿义务机关支付赔偿金。即在地市级以上财政部门建立国家赔偿专项基金，统一负担和支付辖区内所有国家机关的国家赔偿费用，从而改变目前由侵权行为机关先行垫付再申请财政核拨的制度，由申请人依据有效的赔偿法律文书，直接向赔偿基金管理部门申请领取，该赔偿部门必须及时办理，不得以任何理由拒绝支付。当然，有的情况下仍然由侵权行为机关承担。比如，需要侵权行为机关返还财产，消除影响、恢复名誉和赔礼道歉的，由赔偿委员会交付执行，拒不执行的，可参照行政诉讼和民事诉讼中的相关规定执行。
（二）刑事赔偿确认和复议程序的改革
根据《赔偿法》的规定和司法实践情况，中国赔偿案件的前置确认程序阻挡了很大一部分赔偿申请，实际上多设置了一道程序障碍；复议程序形式化，难以解决实际问题。因此，有必要对前置程序进行改造，我们的改造思路是：
1.简化确认程序并与协商相结合
《赔偿法》对确认只作了如下规定：“赔偿义务机关对依法确认有本法第15条、第16条规定的情形之一的，应当给予赔偿。赔偿请求人要求确认有本法第15条、第16条规定情形之一的，被要求的机关不予确认的，赔偿请求人有权申诉。”现行确认程序的缺陷在于：从理论上讲，由侵权行为机关确认自己的侵权行为显然违反了“任何人不得做自己案件的法官”这一正当程序原则；从司法实践来看，必然会使部分侵权行为机关为了规避赔偿义务，对受害人提出的赔偿确认申请既不审查也不受理，消极行使赔偿确认权。虽然《赔偿法》规定被要求的机关不予确认的，赔偿请求人有权申诉。然而，立法对申诉的时限、处理形式和效力等都没有作出规定，加上检、法两机关认识不一致，容易产生当事人申诉、上访，申诉无效的情形，因此，对先行确认程序必须进行简化。结合《赔偿法》和最高人民法院、最高人民检察院相关司法解释的相关规定，[24]所谓“简化确认程序”是指确认将通过以下两种途径实现：一种是具有下列法律文书或者证明材料的，以确认论：(1)撤销拘留决定书；(2)撤销逮捕决定书；(3)撤销案件决定书或撤销案件后予以释放的证明书；(4)不起诉决定书；(5)生效无罪判决书或裁定书；(6)对办案人员刑讯逼供、暴力取证、殴打虐待、违法使用武器警械行为的处理决定；(7)作出撤销违法查封、扣押、冻结、追缴、没收以及司法拘留、罚款、财产保全、执行等的裁定或决定；(8)予以纠正的复查决定书，等等。另一种则必须通过专门的确认程序，根据受害人的申请由侵权行为机关对相关行为进行审查后作出确认。在前一种情形中，赔偿请求人已获得相关的生效法律文书，显然没有必要再进行单独的确认程序，从这个角度来讲，多数案件的确认程序得以简化。
之所以要与协商相结合，是由于协商为程序主体提供了充分表达意愿的空间和机会，双方可以通过平等的对话和沟通，自愿协商，权衡利弊，最后达成共识，体现了互相理解和尊重的精神，有利于平复受害人的心理，消除侵权行为机关与受害人之间的误解和敌意，促进社会和谐。双方就赔偿方式和赔偿数额达成一致后，赔偿请求人可直接凭协议书申领赔偿金，有利于确保受害人获得及时的赔偿，也有利于及时纠正国家机关及其工作人员的不当行为，防止损害再次发生。一旦达成协议，赔偿争议则不用再提交到法院，也减轻了法院的负担，节约了司法资源。还须指出，当今世界上的多数国家和地区规定有协议赔偿程序，如美国《联邦侵权赔偿法》规定，赔偿请求人向赔偿义务机关请求赔偿时，可以由请求人与赔偿义务机关协商确定是否赔偿以及赔偿数额。依据该法第2672条的规定，“每一联邦行政机关的首长或其指定人就针对美国联邦政府提出的金钱损害赔偿请求，依据司法部长所颁订的法规，可考虑、查明、调整、确定、妥协或和解，但超过25000美元的裁决、妥协与和解，应事前获得司法部长或其指定人的书面批准方为有效。除非前项行政调解系以欺诈方法达成，行政机关所为的妥协、和解或裁决，在本法关于对美国联邦政府基于侵权行为而提起民事诉讼规定的限制下，对联邦政府全体官员均有终局效力……请求权人接受任何前述裁决、和解或妥协的，对其应产生终局效力，并对美国联邦政府及其人员因其行为或不行为而导致的赔偿请求构成完全免除。”[25]
2.取消复议程序
现行的复议程序是指当刑事赔偿经先行处理程序未得到解决时，赔偿义务机关的上一级机关依据赔偿请求权人的申请，对赔偿请求再行审查，并作出决定的程序。《赔偿法》第21条和第22条从复议的申请条件、申请期限、复议机关、复议期限、复议决定的效力等5个方面作出了规定。设立复议程序的初衷是为了实现国家机关本系统内部的自我纠错，并提高赔偿程序的效率。然而，从司法实践的情况来看，复议制度显然没有达到立法目的。由侵权行为机关的上级机关作为复议机关，很难保证复议程序的公正。而且，《赔偿法》规定必须先经复议程序，然后才能向人民法院赔偿委员会申请裁决，因而可能造成复议机关的拖延，使证据认定更加困难。因此，复议程序从表面上看为赔偿请求人增加了一次机会，实际上无异于多设置了一道障碍，使赔偿程序变得更加复杂，故建议此次修改《赔偿法》时废除复议程序，并规定如果双方通过协商对是否赔偿、赔偿方式或赔偿数额无法达成一致的，赔偿请求人有权直接诉诸人民法院的赔偿委员会。
