刑事司法职权的合理配置问题，突出体现在刑事诉讼中公安机关、检察机关以及审判机关的相互关系。刑事诉讼法第7条规定：“人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，应当分工负责，互相配合，互相制约，保证准确有效地执行法律”，这是指导和处理公、检、法三机关在刑事诉讼中的相互关系的一项重要原则。此外，刑事诉讼法第8条规定：“人民检察院依法对刑事诉讼实行法律监督”，反映出检察机关对公安机关、审判机关的监督地位。我国刑事诉讼法学界对上述规定存在着诸多的争议，如认为“互相配合”的规定可能导致司法实践中的“提前介入”，消解刑事诉讼法所建构的程序制约；检察院同时承担公诉职能与监督职能，将会导致诉讼结构的失衡；检察院超越法院之上的监督地位，将会对司法权威构成威胁，等等。
公检法之间的相互关系在理论上体现为诉讼构造问题。关于我国刑事诉讼的纵向构造及其存在的问题，已有学者作了深入的分析。从总体上看，我国的刑事诉讼在纵向构造上体现为一种“流水作业式”的构造。侦查、起诉、审判属于三个独立而互不隶属的诉讼阶段，侦查、起诉、审判机关在这三个阶段分别进行流水作业式的操作，共同实现刑事诉讼的目的。具体表现为：（1）公安机关、检察机关和法院在刑事诉讼中各自独立地实施诉讼行为，它们事实上属于互不隶属的“司法机关”；（2）审判前的诉讼活动既没有法官的参与，也不存在司法授权和司法审查机制，司法机关不能就追诉活动的合法性举行任何形式的程序性裁判活动；（3）在法庭审判中，法院针对追诉行为的合法性而举行的司法审查极为薄弱，难以对审判前的追诉活动进行有效的司法控制；（4）追诉机关的案卷材料对法院的裁判结论具有决定性的影响；（5）公检法三机关一旦发现案件事实不清、证据不足，就可以推动程序“逆向运行”；（6）法院在公安机关、检察机关追诉活动完成之后，发挥着继续追诉的作用；（7）侦查、起诉和审判三阶段的划分具有较大的弹性，在外界因素的干预或推动下始终存在相互交叉甚至完全重合的可能。这种“流水作业式”的诉讼构造造成审判前程序中缺少独立的司法裁判机构，审判阶段的司法裁判机能明显弱化，公、检、法三机关之间法定的职能分工在一定程度上流于形式，遭受不公正对待的公民不能获得有效的司法救济。
