由直辖市分院对所辖基层院进行业务管理，是适应分院职责的客观需要。直辖市分院的职能定位决定其必须充分发挥办案主体的领导和协调作用，因为：（1）直辖市分院需要统一辖区内的执法，通过履行各项法律监督职能来确保法律在辖区内得到正确、统一实施。根据审级制度的要求，直辖市分院既要办理辖区内重大的一审案件，又要办理辖区内的二审案件，绝大多数直辖市分院还要承担大量的个案指导工作。这表明，通过各项案件办理工作使辖区内执法标准达到统一、执法程序实现规范化，是直辖市分院的重要职责。（2）直辖市分院只有全方位地了解和掌握辖区内的办案情况，才能正确地行使检察权。直辖市分院对本辖区的案件进行一审、二审或个案指导时，必须对辖区内基层院的业务工作有较为全面的分析和认识，只有如此，才能确保办理案件时达到政治效果、法律效果和社会效果的有机统一，避免就案办案、顾此失彼的现象发生。（3）直辖市分院需要充分发挥办案主体的协调和指导作用。从直辖市分院所办理的各类案件来看，大量案件发生在法律前沿，尤其在改革开放、社会转型、法律规定不明确的情况下，要正确处理各类案件，必须在把握法律尺度的同时更加注重政策的界限。所以分院作为办案主体在履行法律监督职责时，要担负起更多的社会责任，要从全国、全社会、全区域的视角，从有利于社会稳定、有利于经济发展、有利于维护国家和公众利益、有利于保障公民合法权益出发，积极发挥协调和指导作用，领导辖区各院高质量地办理各类案件。正是在这个意义上，可以说，由分院作为市院的业务管理主体对基层院进行管理，不仅符合分院的职能定位，而且也有利于市院更好地突出工作重点、更充分地发挥其对全市检察业务工作的领导作用。
其次，是进一步明确和规范直辖市分院与市院之间在检察权行使上的彼此独立关系和在行政、人事管理上的隶属关系。明确规定直辖市分院依法自主行使检察权，分院的行政、人事管理以及检务保障等事务由市院统一管理，但市院检察长可以根据具体情况授权分院检察长行使部分权力。例如，在检察人员的录用上，规定分院可以根据授权自主选择适合于本院岗位的检察干警，市院只需进行形式上的准入资格审查后即可报相关人事机构批准。又如，在检察官的法律职称评定上，规定由市院检察长授权分院检察长行使本院书记员、助理检察员的直接任免权，规定市院检察长有权委托分院检察长考察、选拔本院检察委员会委员、检察员，市院在提请本级人民代表大会常务委员会之前只需进行形式上的资格审查。再如，在财务、后勤等行政事务方面，由市院进行统一管理，精简分院的行政部门和行政人员，突出分院职能的专一性，保证分院检察官队伍的专业性等。
