其次，是直辖市分院在检察权一体化体制中遭遇的上下级领导关系上的尴尬。在与直辖市院的关系上，实践中存在三种完全不同的认识和做法：一是将直辖市分院视为市院的平级院；二是将直辖市分院视为独立于市院又区别于市内基层院的一级院；三是将直辖市分院视为市内的基层院。例如，直辖市院职能部门对下级院进行对口管理和考核时，有的职能部门将分院的对口部门视为自己的平级，不予管理和考核；有的将分院和辖区内的专门检察院分院归为一类，实行同等标准的对口管理和考核；有的则对分院和市内的基层院不加区分，实行同等标准的对口管理和考核。在与直辖市内基层院的关系上，由于直辖市院对全市基层院实行直接领导、指导和相关管理，因此，分院除了由于诉讼审级上的管辖权要求而对本辖区内的案件行使检察权外，对所辖基层院不领导、不管理；有的直辖市分院甚至无权对所辖基层院进行指导。这就是目前直辖市分院在检察系统中“不上不下”的真实写照。
再次，是直辖市分院检察工作的专业化要求与其内设职能部门和检察人员非专业化配置之间的矛盾。从检察权在直辖市分院的配置规律来看，分院行使的检察权实际上就是现行审级制度框架下市院不能直接行使、市内基层院又无权行使的各种形式的诉讼权。直辖市分院在行政和人事管理上与市院的一体化管理模式，完全可以使分院专职检察权，实现检察人员队伍的专业化。然而，当前的现状却是直辖市分院内设有与市院完全对应的庞大的行政、人事管理部门，有一支人数可观的非专业化队伍在从事各方面的行政管理工作，并且这支队伍中的不少成员还拥有和专业人员完全一样的检察官身份。直辖市分院内设职能部门的庞杂性和检察人员队伍的多元化特点，不仅从形式上否定了分院特有的依附性，还大大削弱了分院之所以具有独立性的基础和根本。
检察权在直辖市分院的配置中存在的上述矛盾和不协调，不仅导致了分院在整个检察系统层级设置体系中的“孤立”，还造成分院行使检察权既不受权力机关的直接监督和检查，也不接受市院的全面系统检查，最终形成分院自我管理、自我约束、自成体系的封闭局面。这显然不利于直辖市分院检察工作的健康发展，也不利于检察权体系的协调和完善。另外，在实践中还出现了同一直辖市内的不同分院各自为政，对法律的理解和运用不一致，造成执法、司法上的地区差异的现象，不仅损害了直辖市分院作为检察机关维护公平正义的形象，还从根本上背离了检察权维护国家法律统一、正确实施的立法宗旨。
