根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》的规定：“民办非企业单位不得从事营利性经营活动。”一些地方的工商行政管理部门，据此规定对有收费行为或开展有偿服务的民办非企业单位按未经工商登记，开展违法经营活动予以处罚。这实际上是片面地理解了非营利性，造成管理的混乱，严重挫伤社会力量兴办公益事业的积极性。民办非企业单位的非营利性，不是不得从事经营活动，也不是不得有利润、有盈利，它指这种组织的经营、运作目的不是获取利润，而是受“非分配性原则”的限制。但在立法上规定“不得从事营利性经营活动”也容易引起歧义和误解。非营利性是组织性质的非营利性，而不是某项活动的非营利性，因而在概念上应当以“从事社会服务活动的非营利性社会组织”替代“从事非营利性社会服务活动的社会组织”，取消“民办非企业单位不得从事营利性经营活动”的禁止性规定。作为禁止性规定，法律应当规定：“民办非企业单位的资产必须用于章程规定的业务活动，盈余不得在举办者、理事、监事和从业人员中分配。”
尊重民办非企业单位的权利也表现在要保障其有充分的自主权。如果诸如民办非企业单位的理(董)事会、监事会的组成、职权和议事规则，理(董)事、监事的资格、产生程序和任期，以及民办非企业单位的组织机构和活动准则都由立法规定，登记主管机关对民办非企业单位是否依照章程开展活动的情况都要进行日常监督管理，民办非企业单位就缺乏了活力和自主性。在实践中，目前有些社会组织的党建工作及其领导权集中在业务主管单位身上，且许多社会组织的负责人由业务主管单位委派、任命甚至兼任。作为立法，应在原则中规定，民办非企业单位依照法律、行政法规及其章程规定开展活动，任何组织或者个人不得干涉。任何单位和个人不得私分、侵占、挪用民办非企业单位的财产。
二)鼓励和扶持民办非企业单位的发展
我国民办非企业单位近年来尽管有了长足的发展，[14]但总的来说总量仍明显不足。[15]如果按每万人拥有社会组织的数量计算：中国仅拥有约3个，而在国外很多都是几百个，而且行业、地区和层级分布不均衡。[16]例如，上海浦东新区在目前登记在册的265家民办非企业单位中，按照社团处的登记分类，教育类占全部民办非企业单位的66％，无疑占了极大的比例。有些领域过度成熟饱和，有些领域却未得到充分的发展，还有些领域甚至还是空白，呈现出结构不合理的特点。[17]广东民办非企业单位中教育类高达82.79％以上，而卫生、文化、科技类均不足1％。有学者分析认为，非教育类比例较低的原因可能与这些民办机构培育发达较缓、人们对这些民办机构非营利性的认识有关，也与相关业务主管部门的利益有关。{8}据北京市民政局统计，北京市民办非企业单位2139个中，教育类有1585个，占74.1％，而其他行业的发展则相对缓慢；区(县)级1046个，占88.47％，而社区级只有4个，占0.33％，据分析是因为社区级民办非企业单位本身的力量薄弱，完全靠自身努力难以发展壮大，政府管理部门忽视了社区一级民办非企业单位建设，抑或并未真正予以重视。{5}据浙江省民政局反映，从地域上来看，主要集中在大中城市，乡村很少，布局不合理。从学历教育学校来看，大多分布在城区、城镇，一些偏远地区较少。从短期培训学校看，一些专业俏、见效快的短期培训受到追捧，导致无序竞争和资源的浪费。这也说明了民办非企业单位需要政府的培育和扶持。
在国家财政资金有限的情况下，各地采取措施，鼓励社会力量举办社会服务性的社会组织，对于帮助弱势群体，实现弱势群体的物质帮助权起到了重要的作用。但总的来说，在税收、土地利用等方面，目前许多地方政府对民办非企业单位发展重视还是不够，扶持力度不大。{9}政府对其优惠政策尚未充分体现出来，民办非企业单位生存存在着困难。据上海市的一份调查显示，民办非企业单位的财务状况普遍偏紧。[18]究其原因，在于目前国家有关民办非企业单位的立法工作严重滞后，仅在1998年后国务院颁布了《民办非企业单位登记管理条例》，以及《民办教育促进法》和《民办教育促进法实施条例》中有些原则规定，而涉及民办非企业单位在用地、贷款、税收、职工社保待遇等方面都缺乏明确、具体的配套政策，管理处于无法可依，无章可循的状态。仅以税务票据为例，没有考虑到民办非企业单位的特殊使用对象，目前大多使用的是刮奖式发票，给民办非企业单位的日常管理带来了一系列的负面影响，甚至被许多人误认为是餐饮发票，至今没有得到很好的解决。
