与更加自由的贸易同等重要，也许更为重要的，是WTO的其他原则。例如非歧视，使得贸易条件稳定、可预见和透明。
（三）WTO并非仅关注商业利益；商业利益并非优先于发展
WTO协议中有很多内容考虑了发展问题。
更加自由的贸易促进增长和支持发展。从这个意义上讲，商业与发展是互利的。与此同时，发展中国家是否从这个体制得到了足够多，WTO中一直在争论。但这并不意味着该体制没有为这些国家提供什么东西。事实远非如此。协议中有很多重要条款是专门考虑发展中国家利益的。
发展中国家有更多时间适用众多的WTO规定。最不发达国家也有特殊待遇，包括免除某些条款的义务。对于发展的需要，也可解释协议一般不允许的行为，例如政府给予补贴。2001年11月的多哈部长会议所启动的谈判和其他工作，包含了发展中国家希望解决的众多问题。
（四）在WTO里，商业利益并非优于环境保护
很多条款都专门考虑了环境问题。
《建立世界贸易组织协定》前言所概述的目标中，就包括最佳利用自然资源、可持续发展和环境保护。WTO规则中有很多规定是具体落实这一目标的，其中最为重要的是一些保护伞条款（例如GATT第20条），允许各国采取行动保护人类、动物或植物生命与健康以及保护可用竭自然资源。
除了这些广泛的原则，关于具体事项的具体协议也考虑了环境因素。为环保而采取的补贴是允许的。环保目标也在产品标准、食品安全和知识产权等协议中得到了确认。此外，该体制及其规则也有助于各国更为有效和更少浪费地分配稀缺资源。例如，谈判使得工农业补贴减少，从而减少了浪费的生产过剩。
一项关于虾进口和海龟保护的WTO裁决强化了这些原则：WTO成员可以，也正在采取措施保护濒危物种并采取其他措施保护环境。另一个裁决禁止石棉产品，理由是WTO协议对健康和安全的考虑优于贸易。重要的是，保护环境的措施不可以不公平。例如，措施不能歧视。不可以对自己的生产商宽松，而对外国商品和服务严格。也不可以歧视不同贸易伙伴。这一点也在虾和海龟案中，以及早期的汽油案中得到确认。
同样重要的是，制定环境保护的国家标准并非WTO的工作，而是环境机构和公约的事情。但环境协议与WTO的确有重叠――在执行协议的贸易措施上（例如制裁或其他进口限制）。从目前看，WTO协议与国际环境协议并无抵触。
（五）WTO并未在食品安全、人类健康和安全方面控制政府。商业利益同样没有优先
协议是所有WTO成员商定的，因此反映了他们的关注。
协议中的关键条款（例如GATT第20条），专门规定允许政府采取行动保护人类、动物和植物生命与健康。但采取这些行动是有纪律的，例如不得用作保护国内生产商的借口，即变相的保护主义。
有些协议更为详细地规定了产品标准，以及食物和来自动植物的其他产品的健康和安全问题，其目的是确认政府保护其国民安全的权利。例如，如上所述，WTO一个裁决禁止石棉产品，理由是WTO协议对健康和安全的考虑优于贸易。
与此同时，协议的设计，还旨在防止政府设置任意性规定，造成对外国产品和服务的歧视。安全方面的规定，不应成为变相的保护主义。要实现这些目标，就必须将法规建立在科学证据或国际公认标准之上。
同样，WTO自己并不建立标准。在有些情况下，WTO协议提到了其他国际协议。例如《食品法典》就制订了建议性食品安全标准，由联合国粮农组织和世界卫生组织管理。但即使对于《食品法典》这样的国际谈判所达成的标准，也并非必须遵守。WTO成员可以制订自己的标准，但必须在避免所有产品的风险方面具有一致性，不是随意的，并且不能歧视。
