（三）公共利益的范围不好界定。保护公共利益会不会侵犯到公民的意思自治？当然，雀巢奶粉事件、四川沱江污染事件肯定是侵犯了公共利益，检察机关在这种事件面前义不容辞，但是，如果涉及到公民个人利益和公共利益相冲突，怎么界定公共利益的范围？
（四）审理程序不好界定。首先是诉讼时效问题，民法通则规定了民事诉讼一般诉讼时效为2年，特殊诉讼时效为1年，最长诉讼时效为20年，公益诉讼时效是否也应受此时效的限制？如果受此限制，显然不利国家利益和社会公共利益的保护；其次是反诉被告主体的认定问题，若公益诉讼的被告提起反诉，以本诉原告为反诉被告显然有所不妥，那么该由谁来承担反诉被告之责任？第三是公益诉讼是否适用调解问题。根据民事诉讼法有关规定，对民事诉讼案件，按照双方当事人自愿原则，人民法院应当进行调解。调解从本质意义上讲是双方当事人之间的相互妥协和退让。但公益诉讼中，原告是与本案无直接利害关系人，是为国家利益、公共利益而战的人，他能否有权作出权利放弃？若能，显然会违背“公益诉讼的初衷”，导致部分诉者拿国家利益和公共利益来作“合法”的交易。据此，很有必要从法律对上述三个方面作明确界定。
（五）检察机关作为民事公益诉讼原告在体制上的缺陷
根据宪法按排，最高人民检察院对全国人民代表大会和全国人民代表大会常务委员会负责，地方人民检察院对产生它的国家权力机关负责。人民检察院独立行使检察权，不受任何行政机关、社会团体和个人的干涉。但是，检察机关的人、财、物均受制于地方政府，这种非独立的体制导致了检察机关与地方党委、人民代表大会、行政机关有着千丝万缕的关系。这种体制上的问题容易导致检察机关退却缺位，不能或不敢维护被损公益，其公益诉讼的目的性就会被扭曲，公益诉讼就可能成为保护主义的工具，为公权力影响甚至是侵害私权利提供了可能性。这种千丝万缕的关系往往因利益的驱动而导致地方保护主义，使检察机关在行使检察权时难免受到行政机关、社会团体和个人干预，违背公益诉讼的宗旨。
（六）检察机关作为民事公益诉讼原告对诉讼活动造成的冲击
