（一）检察机关作为民事公益诉讼原告在程序法上的缺失，致使检察机关提起民事公益诉讼无法可依，公益诉讼举步维艰
传统民事诉讼理论认为只有公民、法人或其他组织因自身的民事权益受到侵犯或与他人发生民事权益争议时，才能以原告资格向人民法院提起民事诉讼，要求人民法院行使审判权以维护其民事权益。我国的民事诉讼原告制度即是以该理论为基础而建立的。《中华人民共和国民事诉讼法》第108条条1项规定：“原告必须是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织”，即原告必须是实体性权利的享有者，且这种权利必须是原告“专属性”或“排他性”的享有。因此，在我国现行程序法规定中，检察机关作为民事公益诉讼原告提起公益诉讼，并无法律明文规定，检察机关不具有民事原告主体资格。从我国目前审理的一些较典型的公益诉讼案件来看，范围涉及到达了国有资产流失、铁路涨价、电信资费调整、交通收费、建筑规划许可、环境污染等方方面面，不同的法院有不同的处理结果，大多公益诉讼因与己无关而被驳回，但也有部分得到法院支持。如2001年4月四川省中江县检察院为使国有资产不被流失，代表国家提起民事诉讼，请求确认被告买卖房屋无效，得到了法院的支持，而2002年9月福建省霞浦县法院对霞浦县检察院以合同侵犯国家利益为由，代表国家提起民事诉讼，请求确认合同无效一案依法作出裁定，以没有法律依据，诉讼主体不适格为由裁定不予受理。之所以出现两种截然不同的结果，主要是因为我国现行法律对公益诉讼范围没有作出明确的界定。甚至最高人民法院以批复的形式指出，法院不再受理检察机关作为原告提起的国有资产流失案件。至此，所有检察机关提起的公益诉讼也都被叫停，公益诉讼陷入立法不足的缺位遗憾中。
（二）检察机关支持起诉和采用检察建议的公益诉讼的启动模式缺乏必要的刚性。公益诉讼的启动模式，虽然在理论上应该有多种。如我国民事诉讼法第十五条规定，机关、社会团体、企事业单位对损害国家或者个人民事权益的行为，可以支持受损害的单位或者个人向人民法院起诉。但公益诉讼采用检察机关支持起诉的办法，由于维护公共利益和原告的利益难以完全重合，启动起来相当困难；而采用检察建议等非诉讼形式，虽然操作简便，但是缺乏必要的刚性。
