以人为本的理念呼唤诉讼结构的转型，应该以审判中心主义取代侦查中心主义。为此，必须从以下两方面着手：
第一，落实刑诉法第12条关于无罪推定原则的精神。无罪推定原则的精神，要求侦查机关将嫌疑人当作无罪公民对待，尊重其合法权利，体现出“以权利制约权力”的思想。从规范层面看，我国当前的刑诉法中最明显的违背无罪推定原则的规定有两处，即刑诉法93条“如实供述”义务的规定和“不讲真实姓名和住址的身份不明犯罪嫌疑人”的羁押期限可以无限延长的规定。“如实供述”义务不仅与无罪推定逻辑上矛盾，而且有强迫自证其罪的嫌疑，应予废止。对于“身份不明者”无限延长羁押期限的规定显然混淆了犯罪嫌疑和证实犯罪的本质界限，颠倒了控辩双方的举证责任，也应加以修正。从实践层面看，各国与无罪推定原则密切相连的举措是尽量减少审前羁押的适用，在英美国家以及日本表现为保释制度，在大陆法的法国是司法管制制度、德国是取保候审制度。其中尤为彻底的是英美的保释制度，他们认为犯罪嫌疑人在被法庭确认有罪之前不被关押是其基本权利，不把保释当作强制措施。我们认为有必要予以借鉴，增加取保候审的适用，减少审前羁押，这将有助于消解侦查中心主义思想。
第二，确立指向侦查活动的司法审查机制。司法审查制度是指司法机关通过对立法机关和行政机关制定的法律、法规及其他行使国家权力的活动进行审查，宣告违反宪法的法律、法规无效以及对其他违法活动通过司法裁判予以纠正，从而切实维护宪法的实施，保护公民和法人的合法权益。[30]刑事诉讼中的司法审查制度是指刑事追诉机关对公民进行强制性处分，必须由法院经过正当的法律程序加以审查后才能做出，未经法院的审查，不得对任何人实施逮捕、羁押等强制措施以及其他强制性侦查措施，从而以这种方式使公民在国家的强制权面前得到有效的法律保护。司法审查制度主要包括对侦查措施和查证措施的审查，这种审查机制在国外已经得到了普遍确立。司法权的正义旨趣、司法机关的中立立场，表明司法审查在人权维护上的优越性。当然，鉴于侦查工作的特殊需求，我们应该明确司法审查适用范围；基于绝对权力的警惕，我们也应该明确司法审查具体的适用程序。
（二）杜绝各种显性、隐性的控审不分现象，控审彻底分离
我国的刑诉活动基本确立了控审分离原则，控审不分最为明显的免诉制度已被彻底埋葬。但是，控审不分的幽灵依然若隐若现地出现在制度与实践当中。显性的控审不分有：法院依职权发动的再审程序、死刑复核程序和法院审理案件后自行变更罪名的做法；隐性的控审不分主要有对逮捕、延长羁押期限的检查审查制和检察院行事方式不明的法律监督权。如果说法院即使依职权主动启用死刑复核程序不会违反禁止不利益变更原则而可以接受的话，那么，在没有确立禁止不利益变更原则的前提下发动的再审程序，能否真正保护人权就很值得怀疑。毕竟，知耻近乎勇，自我否定本身就决非易事，再加上相关官员切身的利益牵扯，官无悔判的历史陋习难保不会死灰复燃。法院自行变更罪名定罪量刑，无异于架空检察院的控诉权、剥夺被告的辩护权，即使实体正确，通常也不能允许，因为审判权有异化为绝对权力的趋向，不符合法治国家控权的基本理念。至于隐性的控审不分，主要是控诉权从法理的意义上僭越了司法权，控诉机关代行了司法机关的职能。
由于控审分离是司法公正的基础结构，我们应彻底杜绝各种显性、隐性的控审不分的现象。首先，维护司法权的被动性特点，贯彻不告不理原则。司法权是终极性的权力，基于“民主就是不信任”的理念，人们有理由质疑这种终极性权力的正当性。司法被动性的行为特点可以证明自己并非是绝对权力，也不容易被滥用。维护被动性的主要机制在于贯彻不告不理原则。不告不理原则不仅应该反映在第一审程序和第二审程序，同样应该体现在审判监督程序，即再审程序。不仅在启动程序时应遵循不告不理原则，在案件审理过程中也不能被违反，即应遵守诉审同一原则。英美国家和日本采用诉因制度控制审判范围。所谓诉因，“是记载应当构成犯罪的特定事实，这种事实当然包含了法律所评价的犯罪事实。”[31]诉因的主要功能在于设定防御对象和确定审判对象，我们认为可以借鉴吸收。其次，检察机关的法律监督职责不宜与公诉职能混淆。当下中国处于由传统社会向现代社会的转型期，经济诱惑、文化冲突、道德危机等易于诱发职务犯罪，国家需要强有力的法律监督机关，尽量抑制各种犯罪诱因。检察机关独立性、垂直性、主动性、法律专业性等特点适于担当这一使命。但是，检察机关除了履行法律监督职责外，公诉工作是其基本职能。如果检察机关在公诉的同时对断案法官进行“监督”，控审分离、控辩平等、审判中立等原则都将化作泡影。所以，应该处理好公诉与监督的关系。我们认为，从司法独立的角度出发，为保证法官不受干扰地依据事实与法律进行判断，检察机关不宜对法官断案作直接的监督，如果认为法官判案确实有误，可以通过抗诉的法定程序间接达到监督的效果。同样，因为检察机关的公诉人角色，任何损害公民利益但是对追诉有利的活动，根据“利益牵涉应当回避”的古老格言不应该由其自行决定，所以，对逮捕、延长羁押期限的审查应该交由独立的第三方即法院来操作。
