其次，从诉讼层面看，控审分离是司法公正的基础结构、技术保证。诉讼公正被视为诉讼活动的最高价值，“诉讼的生命在于公正”。[15]诉讼公正有实体公正和程序公正两个层面。实体公正是指判决的结果反映了案件的真实情况以及法律适用的正确无误，是诉讼的理想追求。但是，实体是否公正是诉讼的结果性评判，并且往往只有当事人自己清楚，而程序公正是诉讼的过程性评价，通常被所有在场者直接感知，并且在判决结果发生前已经形成，因此，程序公正同样十分重要。程序公正的基本含义是指国家司法机关追究犯罪、惩罚犯罪的刑事追诉活动，必须遵循正当、合理的法律程序，其思想核心是以程序制约权力。人们一般将程序的参与原则、中立原则、对等原则、理性原则、自治原则和终极原则看作衡量程序是否公正的首要标准。[16]其中，程序的中立性被视为是程序的基础，是衡量一项程序是否公正的首要标准。如果控审不分将严重破坏程序本身的中立性，法官代行控诉职能，法官就是原告，对此，孟德斯鸠早就作过告诫：“如果司法权不同立法权和行政权分立，自由也就不存在了。如果司法权同行政权合而为一，法官便将握有压迫者的力量。”[17]
控审分离的内容具有结构和程序两方面的意义。结构上的控审分离主要指机构设置和人员组织上的审检分离；程序意义上的控审分离是指程序启动的不告不理以及程序运作中的诉审同一。总的来说，结构意义上的审检分离和程序意义上的不告不理、诉审同一相互依存、相互支撑，构成了控审分离原则不可分割的两个方面。结构上的审检分离为控审分离提供了组织上、体制上的保障，而程序意义上的不告不理、诉审同一，则是控审分离原则的价值追求，如果做不到不告不理、诉审同一，审检分离也就毫无意义。进一步看，控审分离原则的核心在于不告不理，因为诉审同一不过是不告不理的逻辑演绎，而审检分离本身只是实现不告不理的条件。从世界各国的立法规定以及许多国际法律文件可以看出，控审分离原则已经得到了普遍的认同与遵循。[18]
（三）控辩平等
根据天赋人权的理论，人人生而自由和平等；根据社会契约论，公民是将自己的部分权利让渡出来通过契约（宪法）组成国家，公民让渡权利绝非需要一种压迫自我的“利维坦”，而是希望国家这个公共产品能够维护自己的生命、财产和自由。公民只有在自己违背了契约时才失去国家的保护。现代国家存在的合法性在于以人为本，保护公民的自由和安全。只有国家与个人之间平等，这一目的才能兑现。因此，民主国家最基本的标志是平等。这不仅意指个人之间不分性别、民族、地位、财产等的差异而在法律面前一律平等，同样蕴涵着个人与国家在法律面前平等的含义。根据无罪推定原则，任何人未经合格法庭依法定程序判决有罪之前均推定为无罪，也即刑事诉讼过程中的嫌疑人或者被告还不能被认为是已经背叛了契约，那么，他和国家之间依然是平等的。这就是控辩平等在宪政层面的逻辑依据。
法律面前的平等，不等于事实上的平等。从自然属性上看，个人在国家面前天然弱小，而国家对于个人则是绝对强大。没有特殊的平衡机制，国家和个人之间只能是弱肉强食的单向治罪关系。这一悬殊的力量对比，凸显出控辩平等作为一项基本原则的必要性。从刑事诉讼的本质看，是一种解决纠纷的社会控制机制。国家希望以一种社会成本较低的方式和平、理性地化解纠纷，以吸收当事人和社会公众的不满，防止纠纷扩大化，危及基本法治秩序。国家并不谋求粗暴、武断地压服当事人，否则，任何程序都是多余的，都是资源的浪费。而压制型法所以进行压制，“一个共同根源是统治精英可以利用的资源的缺乏”。[19]国家寻求和平、理性的解决纠纷，必须要有一种平等对话、合理商谈的机制，这就是刑事诉讼。正如哈贝马斯的商谈理论阐述的那样：“它们阻止对论辩的不受合理推动的中断，它们通过人们对论辩过程的普遍、平等的了解和平等、对称的参与而确保在议题选择和最好信息最好理由的接纳这两方面的自由。”[20]这些就是控辩平等原则在诉讼层面的存在依据。
控辩平等原则的内容包括平等武装、平等保护两个方面。平等武装主要是从立法角度落实控辩平等原则，价值取向在于实质性平等。刑事诉讼带有明显的攻防竞技色彩，只有控辩双方拥有均等的攻击、防御手段，才能平等参与诉讼并可能获胜。平等武装要求立法赋予控辩双方平等的诉讼权利和攻防手段。控诉方依托国家机关的组织优势，凭借手中的公共资源，无论在法律知识、证据能力、论辩技术上都使被告人望尘莫及。被告人所能得到的帮助只能来自律师、私家侦探等，对于相对贫困的被告而言这种服务过于奢侈无力承担。在中国，私家侦探尚属非法，本身生存在法律的缝隙之中，律师取证也受着诸多制度内外的限制。如果立法不作实质性倾斜的话，诉讼不免异化为“单向治罪”或者“富人游戏”。鉴于控辩双方力量的实际差距，必须对被告方有所倾斜才能实现双方力量的相对平衡。现代各国一般赋予了被告如下诉讼上的特权：无罪推定、庭前证据展示制度、非法言词证据排除制度。有些国家甚至赋予被告沉默权，确立“毒树之果”原则。
