涉案财物保管中的权利损害主要有以下原因：第一，因自然损耗造成的财产损失。引言中提及的大量堆放在空地上或架空层的汽车、摩托车，由于存放时间长，导致车辆本身功能贬损。造成机动车贬损的原因，一是办案过程中，作为涉案财物的车辆在没有查明的情况下，只能扣押在办案单位。由于办案流程时间较长，机动车长期没有使用必然带来自然损耗。如果要“妥善保管”，就必须有专门的场地和人员，而基层办案单位没有专门的停车场，办案民警平时也不敢发动车辆，一旦发动则说不清是不是擅自挪用。公安机关也再三强调不能碰涉案财物，为了避免不必要的麻烦，办案民警从自身安全维护出发，也不愿去碰涉案财物。二是存放在专门停车场的机动车，也存在同样的自然损耗。同时，还有停车费的支付问题。公安机关没有经费支付停车场的保管费，这笔费用大多时候是让车主承担，一般情况下，车主能领回车辆，在盘算过后还是会去缴纳这笔费用，但也不排除是迫于公安机关的权威，不得不去缴费。在一些特殊情况下，办案单位会跟停车场交涉，争取不交或尽量少交停车费，通常情况下，停车场还是会给予优惠。第二，因人为原因造成财产损失。一是挪用涉案财物，尽管公安机关再三强调办案单位或个人不得挪用涉案财产，但调研时仍发现有此类情况存在，某派出所在审计时就发现扣押的自行车被民警借用。此外，“有些单位和个人占用扣押的机动车、通讯工具，挪用取保候审保证金等……”[5]二是不及时处置涉案财物。对一些不易保存的涉案财物，如果不及时处理会影响其价值，但办案民警基于精力限制或存在“只要我不拿不用，你对我没招”等权利保护观念淡漠的原因，没有及时进行处理，而任由这些财物自生自灭。
为了追缴赃款的需要，冻结赃款流入的任何单位和个人的全部存款、汇款，而该存款、汇款是否远远大于犯罪嫌疑人的涉案款则在所不问。根据我国《刑事诉讼法》的有关规定，冻结存款、汇款仅限于犯罪嫌疑人的存款、汇款，但为追赃的需要却可以置法律于不顾，不管该存款、汇款是否为犯罪嫌疑人所有，也不管冻结的存款、汇款是否远远大于犯罪嫌疑人的涉案款，可以随意冻结账户的全部资金。可以任意扣押作为追缴赃款赃物形式的犯罪嫌疑人或者其关系人的钱物。而我国《刑事诉讼法》明确规定了扣押的前提和条件：“在勘验、搜查中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种物品和文件。”但办案单位有时候以为被害人挽回损失为由，而置法律规定于不顾，不管扣押的前提条件，也不管其是否与案件有关系。
（五）涉案财物随案移送问题
涉案财物的移送与诉讼中证据之证明需要息息相关。《刑事诉讼法》第198条规定：“对作为证据使用的实物应当随案移送，对不宜移送的，应当将其清单、照片或者其他证明文件随案移送。”各司法机关的司法解释和规章也作了与此类似的详细规定。就法律本身而言，关于移送涉案财物的规定是明确的。但在调研中，我们发现关于涉案财物的移送仍存在诸多问题。其中有的是因不良的财政制度所致的部门利益行为，使得涉案财物移交矛盾重重。例如，为鼓励财政创收，各地方政府大多规定了罚没回拨奖励制度，即各部门的罚没款以一定的比例回拨给该部门，作为该部门的经费之用，因此若罚没越多，则政绩越著，经费越多。这种规定使得刑事涉案财物成为部门利益争夺的目标，各机关都意图将涉案财物控制于本部门手中，并由本部门人员将涉案财物罚没，从而获得更多的财政回拨。这便在诉讼中产生诸多矛盾：有的涉案财物该移不移，如毒品案件中缴获的毒资本应作为证据移交检察机关，但在司法实践中多由公安机关罚没后附上罚没单据了事；有的该接收不接收，如检察机关对于一些低价值且难以保管的物证常不愿接收，对于已被公安机关作罚没处理的案件，常以各种借口如退回补充侦查等拒不接收案件。
