我国的司法体制经过了近百年的近现代化改革，已经基本完成了司法权从行政权分离，但由于主客观方面种种原因，我国适用于大陆的全国性法制至今没有确立法官独立原则，只有在香港和澳门特别行政区基本法中确立了法官独立原则并作出了相应的保障，我国立法机关和司法实践部门也没有完全认同法官独立原则。
中国加入世界贸易组织以后，在司法体制方面达到国际司法标准已经是必须认真加以考虑的问题了。我国的司法体制存在的一些弊端，需要以加入WTO为契机加以解决，进而为司法权独立行使创造条件，主要包括：
1．落实合议庭独立行使职权的法律规定
我国刑事诉讼法确认合议庭有权独立作出判决，这一法律规定，有利于减少司法运作的内部环节，提高司法效率，并落实诉讼中的直接、言词原则。这一规定在许多法院并没有得到很好的落实，落实合议庭独立行使职权的法律规定，应成为我国司法体制改革的第一步。
2．解决法院行政化问题
长期以来，我国法院组织结构中存在着行政化的问题，主要表现为：
一是在审判体制中实行首长负责制，混淆了司法与行政、司法机关与行政机关的区别。司法机关内实行首长负责制，热衷于让高级别的机构和人员为低级别的机构和人员指明方向把好舵，甚至就低级别的法院和法官所承办的案件发出具体的指令、作出实体的判决。这种机制因控制者知识的有限性而容易造成决策的失误，难以确保公正：而被控制者不能充分运用自己的知识，导致责任心不强以及积极性不高，导致人才、知识的浪费。长期以来，我国法官缺乏一种独立负责的精神，总是希望由上级机构或者人员发出明确而具体的指令，在法律明确赋予其自由裁量权的情况下，不愿、不敢或者不会运用这一权力，就是这一体制长期磨练的产物。
二是审判委员会作为审判组织进行活动，违背司法活动规律。实践中，审判委员会并非没有一点积极意义，如在发挥集思广益和相互制约的作用方面审判委员会就不是乏善可陈，但总的来说，它所能带来的好处无论如何难以弥补它可能造成的损害，如它违背刑事诉讼的亲历性原则，造成“暗箱操作”，容易损害控辩双方的权利。在对案件进行讨论并作出决定时也容易因主持者的独断专行或者其他人的趋奉而形成“一言堂”——即使不如此，也会因责任分散而找不到对实际损害负责任的人。
总的看来，我国法院内部结构是集权的而不是分权的：一个审判庭内的权力集中于庭长或者主管副院长；法院的权力集中于院长。这种权力集中的运作模式制约着所有案件的审判，有时它制约着司法活动中的理性选择，应当加以革除。
3．提高法官任用条件，实行精英司法
亚历山大·汉密尔顿认为：“社会上，有足够的法律知识并适合作法官的只能是极少数人。……能真正把廉政与知识结合起来的人可能更少。”[3]为了避免使司法权落入那些能力低的不合格的人手中，应当实行精英司法，即实行司法官由那些具有较强的公民意识和正义感、受过专门的法律训练并具有深厚的法庭经验、经过精心挑选的少数出类拔萃的人来担任的制度，这无论对于保障司法公正还是司法效率，都具有积极的意义。
改革开放20多年来，法学教育培养了大批法律人才，他们中一部分人进入司法机关工作，但司法机关也同时源源不断地补充大量没有经过法律训练的人员，在司法腐败的状况日益加剧的状况下，更有一些未经法律训练的人通过关系占据了司法机关的职位，反而使正规法律院校培养的毕业生在司法机关就业受阻。我国司法人员素质不高，实际上已经成为我国司法深化改革的极大障碍。今年开始实施的司法统一考试制度有利于解决这一问题，其条件是严格考试标准和考试纪律，严防权力不正当地介入考试，使考试录用标准下降或者使考场舞弊现象蔓延和加剧，否则，精英司法的愿望将最终化为一场幻梦。
（三）诉讼参与人的人权保障
加入世界贸易组织，是一国政府在国际经济领域采取的重大步骤，但经济活动不是一个孤立存在的社会现象，它与政治、法律等都存在密切的关系。经济活动的主体包括法人和其他各种经济组织以及自然人，其中自然人是最普遍和最基本的（包括构成法人和其他各种经济组织的也都是自然人），一个国家的人权状况，会成为一个国家进行国际贸易成败利钝的因素之一，良好的人权记录可能会促进投资和贸易往来。
人权体现为人仅仅因为他是人而具有的一系列自由和权利，这些自由和权利被认为是与生俱来、不证自明的。按照联合国人权约法所确立的标准，只有当一个国家处于其本身的存在受到威胁的社会紧急状态并经正式宣布时才能克减自己所承担的在保障公民权利和自由方面的义务，但这种克减有着严格的实体和程序限制，并且包括生命权、思想、良心和宗教自由等权利不得克减。维护社会秩序并非刑事法律的惟一价值，个人自由同样是法律——特别是刑事法——的重要价值。对人及其存在的价值和尊严的尊重是法治的最高价值追求，自由是人及其存在的价值和尊严的重要体现和保障，因而也是现代社会最重要的法律价值之一。对个人自由的尊重在诉讼中表现为符合公正标准的程序被严格遵行。
在刑事诉讼中，嫌疑人、被告人是权利最容易受到损害的群体，加强对他们的保护，就会在整体上提升刑事诉讼的人权保障水平。我国刑事诉讼法就犯罪嫌疑人、被告人的人权保障问题已经作出了一系列规定，但与联合国刑事司法国际准则相对照，在下列问题上还需要加以进一步完善：
