检察委员会组织结构上的行政化与议事程序上的类司法化在实践中滋生的弊端是非常明显的。首先，它抑制了检委会成员整体素质的提高。由于检委会委员的身份与行政职务、职级挂钩，致使委员的任命事实上没有什么挑选的余地，不具备唯贤是用、择优选任的基础。要知道，一般能够走上行政领导、岗位或者取得高职级的同志，一般都有着较长的工作年限，囿于我国高等教育的历史性断代问题，他们中不少人还欠缺专业的法学教育，科班出身的人员较少，素质基础参差不齐。特别是在一些欠发达地区，问题暴露得更为充分。就以邯郸市的情况为例，该市的基层检委会委员中，没有一名是全日制大学法学专业毕业的，通过自学、电大等途径取得大专以上学历的仅占50％左右。[2] 其次，它还导致了检委会委员专业背景的不统一，往往使委员之间很难在同一个专业平台上进行顺畅的交流。召开检委会讨论一个专业问题的时候，各自不同的专业背景导致了不同的看待问题的角度与深度，很难形成一个统一的标准来形成有效的争论和辩解。这就使表决的结构往往具有更大的偶然性以及不确定性，在很大程度上制约了检委会的议事水平和质量。最后，它还诱发了检委会结构的膨胀趋势。由于检委会是根据民主集中制组织起来的议事决策机构，人数过多，就不利于集中，而人数太少，则不利于充分发挥民主，吸纳集体智慧。[3] 根据1980年4月颁发的《检委会组织条例》，最高检检委会成员13－19人，省级院为9－15人，分院、自治州、省辖市院为7－11人，基层院为5－9人。现实中，各级检察机关检委会人数超标现象非常普遍，而且膨胀趋势明显。
从检察委员会议事程序的类司法化来看，也存在以下三个问题：首先，议事的范围不够明确，大多数院的检办都不能够准确地对议事范围进行控制和分类。由于《检委会组织条例》只是规定检察委员会讨论决定重大案件和其他重大问题，至于何为重大案件，何为重大问题，则没有更为明确的规定。在实践中，由于错案责任追究制的存在，许多业务部门的承办人害怕承担责任，总是想通过检委会来作最终决定，而不是自己来作出决定，从而减轻自己的责任。[4] 由于检办不能明确个案的讨论范围，对其作一个适当的限制，这就导致了很多检察院的检委会的绝大部分精力不得不都花在了研究个案上面，从而沦为一个纯粹的办案部门，很少有精力去研究讨论重大事项，对检察业务进行宏观指导。其次，议事方式过于单一，缺乏科学性。前面已经介绍了规范的检委会议事方式，类似于司法判断的程序，难以避免地存在过于单一的缺陷。要知道，检委会具有负责的职能，要讨论决策各式各样的业务问题：有宏观的、抽象的，有微观的、具体的，有重大事项，也有个案。这么多性质各不相同的讨论决策对象，却运用同一的模式去讨论和表决，而缺乏科学的应对性，其讨论决议的实效是可以想象的。最后，议事经验的局限性大。对于某一个检察院的检委会来说，尤其是绝大多数的基层检察院，其经验和能力总是存在很大程度上的局限性的：有地域上的局限性，只关注本院或是邻近几个院的狭隘经验，而缺乏对更大范围内其他地方的做法和经验的了解；有系统上的局限性，只关注检察系统内的经验和做法，却缺乏对法院、公安等其他相关系统操作经验的了解；有人员上的局限，在单个检察院的范围内，检委会成员的能力、经验、知识、素质总是有限的。
