但是，这样的制度格局通过上文所述的复杂过程逐渐被打破。程序的规则已有了较大改变，新的行为样式开始形成，原有的诉讼结构或模式因认知框架的更新而发生转型。这些宏观层面的变化正伴随着“程序正义”、“当事人主义”等新的意识形态、新的强势话语，通过更加多元化的控制及互动机制反映到一个个法院日常的程序运作中去。而后果之一就是程序作为制度整体开始失去其原有的普遍性和统一性，在不同法院之间、法官之间程序的运作千差万别，日常的程序实践与其说在不断地使一定的规则及结构得到再生产，还不如说在强烈地促使这些规则、结构发生更加明显的流动，甚至时时带来部分的却也是戏剧性的改变。
在上文提出来用于分析程序的制度模型中，程序主要是在整体的规则、结构和日常的运作这两个层次上被把握。而对后一层次的分析则是本文的研究重点。如已提及的那样，日常的程序运作将被“嵌入”（embed）基层法院这一组织框架内来加以考察，这个层面的组织因素与程序运作之间相互作用的动态对于整个制度变迁所发挥的影响也就构成了下一步需要描述的对象。那么，都有哪些组织因素是必须考虑的呢？从关于组织的一般理论和“基层法院的程序演化”这一特定视角出发，我们认为至少有以下五个方面的要素应该纳入分析的视野[13]。
1.组织环境（organizational environments）。在本文中，这一要素具体指特定基层法院与上级法院以及与其所在的地方政府的关系，以及基层法院所处地域的经济社会条件等。这些环境因素对于基层法院的程序运作都能够产生直接或间接、日常或偶发的影响。
2.领导者及组织意思的形成（leadership and decision-making）。审判方式改革的现实表明，法院的领导者尤其是“第一把手”院长在程序变革中起到了相当重大的特殊作用，而“出政绩”等改革的动机、“改革竞争”的现象和“模仿”效应（mimetic process），以及形成决策并贯彻下去的组织管理过程，都规定制约着基层法院日常的程序运作。
3.组织所拥有的物质资源（material resource）与人力资源（personal resource）。前者主要指基层法院的财政经费来源及基本设施等“硬件”的状况，后者则指负责操作程序的审判人员在学历、出身、经验和素质等方面的结构。这些资源构成组织的基础。在中国目前的特殊条件下，资源秉赋上分布的极端不平衡是给基层法院的日常程序运作带来很大差别的要素之一。
4.绩效（performance）。基层法院的绩效当然首先反映在民商事诉讼案件程序运作的结果上，指的是收案办案的数量、上诉率及改判率，还有当事人的满意程度等“软指标”的方面。不过，这一要素进而还可包括特定基层法院在当地公共权力体系中的地位，以及法官关于程序运作的自我感觉或评价等等。在这些意义上，绩效既是程序运作的产物，也是直接影响程序本身的组织因素之一。
