（三）在行政管理机制上，促进基层政府依法行政的激励机制和惩戒机制均没有完全建立，导致基层政府没有将依法行政真正摆上重要地位。主要表现在以下方面：
1．全国统一的对地方政府依法行政监督考核“平台”没有建立。全面推进依法行政，责任在政府，关键在领导。国务院很多文件都明确要求中央加强对地方政府依法行政的监督检查，但是，中央如何实施对地方政府依法行政的监督检查，通过什么组织形式，运用什么手段，如何调动地方政府积极参与的积极性与责任感，国务院以及国务院法制办均没有一个完整的计划和组织安排，即缺少一个对地方政府依法行政监督考核的“平台”。由于缺少这个有效“平台”，导致地方政府对依法行政的重视程度大都处于“自发”状态，地方政府有组织、有计划、有安排地推进依法行政的“自觉性”不足。而在行政管理激励机制方面，由于我们现在还未建立能够有效整合地方政府推进依法行政积极性与动力支撑的地方政府“依法行政监督考核平台”，监督考核工作没有能够“硬性”为年度考核具体指标体系，导致国务院推进依法行政的全面部署在地方政府及其部门实践中大打折扣，甚至认为依法行政是“装点门面”的“软任务”，不必下大气力具体抓落实，这一点远远落后于诸如信访的监督考核、计划生育的监督考核，甚至后来居上的环境保护监督考核。
2．由于权力与责任直接有效的联系机制没有完善，行政系统内部的惩罚机制均存在较大漏洞，导致整个行政管理机制对依法行政缺乏有效运转的“动力支持”。在基层政府依法行政中，实体上最主要的目标是实现行政管理合法与合理，而这两个目标的实现都离不开责任的要求，具体表现为对违法行政的责任追究与对不适当行政的法律控制。在对违法行政的责任追究方面，目前在抽象行政行为违法和具体行政行为违法两个方面均存在不同程度的责任追究缺失的问题。不仅“老三乱”（乱收费、乱罚款、乱摊派）没有完全控制，“新三乱”（乱检查、乱评比、乱培训）又开始出现。抽象行政行为违法，签发文件的行政领导责任不明确；具体行政行为违法，对作出行政决定的人员的责任同样不完善。违法行政被确认后，行政行为可以被上级机关撤销或者变更，但是对责任人的个人责任追究机制很少启动，即使少数因媒体曝光而被问责的行政机关领导，也多是以承担政治责任方式处理，依照法律途径，遵循法律规定，通过法律责任追究机制追究责任的很少。
3.“一票否决制”适用范围呈现扩大趋势，行政监督能力建设经受考验。所谓“一票否决制”是指在上级行政机关对下级行政机关，特别是上级政府对下级政府监督考核过程中，只要被考核的下级行政机关在行政管理中出现事先划定的某一单项工作考核不合格，即被考核行政机关其他所有工作成绩均被整体否决，单项工作不合格就会影响全局工作的整体评价。目前基层政府行政管理中的“一票否决制”适用范围已经扩大到计划生育、社会治安综合治理、安全生产、环境保护、政府节能减排、城市卫生创建、水土保持、禁毒、优化经济发展环境、招商引资、信访、减轻农民负担等。行政管理中的“一票否决制”本意是强调极少数单项工作的重要性，要求下级行政机关给予特别重视。但是，由于涉及“一票”的单项工作范围不断扩大，导致被考核的下级行政机关无所适从，实质是上级行政机关监督能力不强、工作简单片面化的一种表现。实践执行中也容易出现以偏概全、“逼人作假”的现象，为防止出现被“一票否决”，而下级行政机关会不惜采取一切手段和方法，其中必然包括一些不合法的手段。
4．公务员“出口”机制不畅，导致一些基层行政机关公务员年龄结构日趋老化，“新鲜血液”由于编制控制无法及时补充，或者临时聘用编外人员从事行政管理活动。由于《公务员法》在立法中没有充分考虑到公务员“出口”机制问题，对申请提前退休的公务员没有规定给予适当的安排和经济待遇，导致很多基层行政机关年龄偏大的公务员不愿意提前退休，同时限于行政编制的控制，行政机关普遍随着公务员年龄的增长而使年龄结构日益老化，对新人无法及时吸纳。行政机关出现越来越多的老同志，导致行政机关工作开拓创新能力不足，“守摊子”现象严重，公务员知识更新匮乏，习惯于用老办法、依据上级文件要求从事行政管理，依法行政能力和水平得不到较快提高。同时，在一些行政管理任务较重的部门，又不得不在行政公务员编制之外临时聘用一些人员从事行政管理活动，行政执法人员的素质无法得到保证，行政机关工作人员良性循环机制没有能够建立起来。
