3．乡镇政府权限日益收缩，在行政执法中与县级政府执法部门法律关系不顺。在立法趋势上，呈现出剥夺乡镇人民政府作为重要行政执法主体的法律地位的现象，越来越多的法律、法规、规章将行政执法权限上收于县级以上地方人民政府有关行政主管部门。在具体涉及“三农”事项的行政执法中，乡镇政府只是县政府有关部门执法的“配角”。在乡镇机构设置上，原先隶属于乡镇政府的下设机构，越来越多地划归县政府有关部门直接隶属，乡镇政府的行政管理“动员力”进一步削弱。在乡镇职能配置上，县级政府部门将一些难以行使的权力强行推让给与之有利害关系的乡镇政府，并将该项工作与乡镇政府的收入状况、评先评优挂钩。乡镇政府在“胡萝卜＋大棒”的驱使下，在本辖区内“借权”开展行政工作，这种现象往往是县级政府部门“无风险”受益，乡镇政府高“风险”受益，一旦出现恶性案件，乡镇政府就成了替罪羊，乡镇党政“一把手”就成了打板子的首选对象。乡镇人民政府实际上已经落到“无权有责”的尴尬境地。
4．基层政府行政首长任期制没有得到很好的执行，导致部分行政首长采用非法治手段追求短期“政绩”。具体表现为部分地方行政机关领导干部工作调动过于频繁，一些人大机关选举任命的领导干部任期未满就由上级主管部门宣布工作调动；领导干部工作调动宣布通常较为突然，其选举任命机关通常来不及对其任期内的工作给予民主评价；领导干部工作调动一般只是说明“根据工作需要”，而没有对选举机关就领导干部工作调动的原因和理由给予必要的说明和解释；领导干部工作任期制没有与领导干部退休年限作很好的衔接等等。行政机关领导干部任期制没有得到很好的执行，导致一些地方干部在任期内不安心工作，上任以后就寻思尽快调动工作，甚至发展为“跑官要官”；一些领导干部工作中短期行为突出，热衷于大搞“短、平、快”的“政绩工程”、“形象工程”；由于一些地方行政机关主要领导干部工作调动频繁，导致一些地方发展思路经常调整，一些需要长期坚持的发展方向和基础性工作得不到长期贯彻执行；在行政管理中不重视管理的方式和手段，往往采取非法治的“超长”方式和手段促进发展。
5．上级主管部门非法干预下级政府部门设置情况较为普遍，行政管理体制中出现的一些特殊情况法律地位不清，权责不明确。在机构设置上，特别是在机构改革过程中，上级部门出于部门利益考虑，对下级政府机构设置进行干预，上级部门甚至明确提出要以下级部门是否独立设置、机构级别是否升高、机构人员编制是否增加、经费保障是否到位作为对下级政府工作开展情况的考核标准，极大干扰了下级政府在机构设置上的自主性，为下级政府对机构的裁减、合并增加了人为障碍。同时，在具体行政管理中，地方政府为加强某项工作而成立的“指挥部”、“领导小组”、“联席会议”以及联合执法中的职责权限、责任义务和法律地位不清，甚至引发一些不必要的行政纠纷。此外，由于国家对各级开发区、工业园区管理没有明确统一的管理规范，导致目前地方各类开发区、工业园区中行政管理权限不明确，特别是开发区、工业园区内的管理部门与所在城市管理部门执法上产生纠纷和矛盾，出现扯皮打架现象。
6．行政管理体制调整中不断扩大的垂直管理体制负面影响需要重视。据统计，在县一级有人民银行、国家税务局、银监办、烟草局、地税局、工商局、质监局、气象局、药监局、公路分局、公积金管理中心、国土局等12个垂直或者半垂直管理部门。随着行政管理部门垂直管理的不断扩大，上级部门的权限越来越大，地方责权越来越小。看似重视了，实际是剥夺了地方政府的管理责任，使其管理失去依据，更加放任地方政府的不作为。同时，还会增加上级政府与地方的矛盾，易使管理混乱。正如某地方政府领导戏称，“如果上级政府部门再拿走一些县政府对所属部门的行政领导权力，就可以考虑撤销县级政府的建制问题了”。因此，正确处理行政管理“条”与“块”关系，应当以属地政府“块”为基础，以垂直部门“条”为补充，通过职责、权限的科学划分，在此基础上强化地方政府的违法责任承担，才是解决行政执法地方保护，推进地方政府依法行政的根本办法。
7．由于事业机构改革的滞后，一些由财政全额拨款供给、比照公务员管理的事业单位，根据法律、法规授权长期从事行政执法活动。这类授权执法组织虽然与行政机关一样从事执法活动，在法律地位上没有太大的区别，但是由于对其是作为事业单位进行管理，在人员“进口”管理、执法人员素质提高、行政执法监督方面都与行政机关存在较大差距，特别是在其与归口管理的行政主管部门之间的监督关系上不明确。如目前江苏省交通行政主管部门所属的港航监督管理机构，根据国务院行政法规的授权长期单独从事行政执法活动，而改革中又一直没有将其纳入行政机关序列。此外，在事业单位设置上，也还存在一些财政差额拨款的单位根据法规授权从事行政执法活动的情况，其执法的公正性也必然受到质疑。
