刑法规范，总体上说，并不规定自然人与组织的权利问题，但是，刑法规范却以剥夺自然人与组织的权利为内容，而这些权利主要是由宪法所规定的，且大多属于法律所确认的权利、基本权利。刑法与宪法之间的这层关系，凸显出作为被刑罚剥夺对象的权利的基本性与重要性，也正因为如此，刑罚配置与适用应秉持高度的谨慎态度，防止这一权力滥用而导致对基本权利的贬损甚至侵犯。与此相适应，刑事诉讼程序也被赋予较高的正当性期待，确认并保障基本权利不受不合理的或者过度的干涉。问题是，在理论与实践中，被剥夺或限制的权利并没有因为其基本性，而给予充分的关注和尊重，这似乎是因为犯罪人首先侵犯了他人的基本权利或基本秩序，而后者同样是宪法或其他法律所规定的。犯罪人的权利和被侵害人的权利是等值的，并不因为犯罪而使其权利本身受到贬损，换言之，即使被剥夺或限制，也不容否定其基本性。然而，当刑罚权出现时，权利遇到权力，一种可能的力量（资格或能力）面对现实的力量时，权利就趋于弱势；设若没有积极的抵御机制，则权利只是一个消极的被动者，无法确证其基本性和重要性。
作为规定剥夺与限制权利的法律，设定权利并非刑法的任务，但是刑法也非完全与设定权利无涉。犯罪人有自首、立功情节，就有权请求法院给予从宽处理，这不仅仅应视为一项程序权利，也应作为实体权利看待。例如，如果将《刑法》第68条第2款规定的“犯罪后自首又有重大立功表现的，应当减轻或者免除处罚”，视为法官应“履行”的义务的话，那么，这一命令性规范所隐含的权利主体就只能是犯罪人。对罪犯的减刑和假释也是如此。罪犯在刑罚执行期间，应当具有申请减刑和假释的权利，而不应该把这两种行刑制度视为监狱机构给予罪犯的奖赏或者恩赐，而这样的权利应从实体法和程序法予以确认和维护。
三、犯罪设置中的权利问题
将何种危害行为规定为犯罪，从权利的视角出发，可以提出两个命题：一是任何行使权利的行为，都不应视为犯罪；二是单纯地违反没有利益体现的秩序的行为，不应规定为犯罪。
第一个命题显然是成立的，因为一项权利行为自然是法律所认可的行为，当然不存在违法，因而也就谈不上具有刑事违法性。这里的权利，并不限于宪法所规定的基本权利，也包括民事法律、行政法律所规定的权利，既包括实体上的权利，也包括程序上的权利。从现行刑法关于具体犯罪的规范设计看，并没有将一项权利行为视为犯罪的适例。不过，由这一命题引申出去，如果某一犯罪的规范设置会明显地被滥用进而影响甚至侵犯个人权利的话，那么，这样的犯罪设置就是不妥当的。例如，《刑法》第306条第1款规定的辩护人、诉讼代理人毁灭证据、伪造证据、妨害作证罪，从该条款的规定看似乎没有什么问题，但是，该条存在明显的、被滥用的可能性，进而对辩护人、诉讼代理人，尤其是辩护律师的诉讼权利乃至人身权利形成侵犯。当刑法中的具体罪刑规范表述模糊时，也可能对公民的自由权利形成不当干涉和侵犯。对此，作为罪刑法定原则派生原则之一的明确性原则即做出同样的要求，而究其根本，仍在于维护公民的自由权利。以此考量，则现行刑法中诸多条文是经不起推敲的。
公民或者单位行使一项法律上明确的权利，当然不能视为犯罪。如果某人所行使的是所谓“习惯权利”呢？“习惯权利”，表现为人们在长期的社会生活过程中形成的或从先前的社会传承下来的，表现为群体性、重复性自由活动的一种权利。{8}马克思曾经说过：“在民间的习惯法受压制的地方，遵循这些习惯法的做法，只能作为单纯违反警章规定的行为来对待，无论如何不能当作犯罪来惩罚。违警处罚是用来对付那种根据情节可称为外部混乱而不破坏永久法律秩序的行为的一种手段。”{9}（P254）从既有法制的视角看，“习惯权利”是不称其为权利的，因为从理论上看，权利是“由法律规范所认可的”。{10}(P138)
所谓“习惯权利”，实际上就是习惯本身。不过，无论是否将基于习惯的行为视为一种权利行为，可以形成一点共识：对于公众基于习惯所实施的行为，不应作为犯罪加以规定。例如，刑法修正案（六）最初的草案中包括了非法提供胎儿性别鉴定行为犯罪化的建议，[12]后来因反对意见太多而被否定。刑法学界给出的否定理由，主要是基于刑法的谦抑性和操作性上的考量。不过，细细追究，这种立法建议也不符合人们所认可的习惯，作为胎儿的孕育者和未来的父母，难道没有“权利”知道自己胎儿的性别吗？医生告知他们胎儿的性别，难道不符合我们的习惯吗？对于为人们所认可的习惯行为，不应作为犯罪处理，哪怕在法律上并没有规定其为权利。当然，习惯行为应受到时空条件的限制，而公众是否认可某项行为符合习惯，也会随着时空环境的转换而发生变化，因而这里的习惯行为应限定在当下人们所认可和接受的范围之内。
