威慑理论的假设是虚假的，或者是不充分的。除此之外，威慑理论要受到是否公正的质疑。按照一般威慑的逻辑，为了威慑其他人不犯罪，对于无辜的人或者实施轻微犯罪行为的人，实施严重的刑罚也是合理的。按照特殊威慑的逻辑，实施严重犯罪行为的犯罪人，如果没有再次实施犯罪行为的危险性，那么适用较轻的刑罚或者免除刑罚也是合理的。
（二）剥夺方法的缺陷：人身危险性难以测量
为什么要处罚犯罪人？剥夺方法理论的回答是，因为犯罪人通过犯罪行为表现了对非常重要的社会规范的不尊重的态度，并且在以后还会继续实施违反刑法规范的行为。为了保护遵守法律的公民的利益，必须剥夺犯罪人再次实施犯罪行为的能力。而剥夺犯罪人再次实施犯罪行为能力的方法就是刑罚。那么刑罚什么时候可以结束呢？这个理论的回答是，当行为人没有再次实施犯罪行为的人身危险性的时候。
这个理论假设，可以准确地测量犯罪人的人身危险性。通过犯罪人的表现，可以测量犯罪人是否具有人身危险性。从现实来看，这个假设并不能成立，现在并没有一套方法可以准确地测量行为人是否具有人身危险性。对这个理论还有一种批评的观点，这个理论忽视了所谓的犯罪的“取代”现象（replacement phenomenon）。很多犯罪行为是基于市场利益的驱动，有需求就有供给。只要存在对违禁物品的需求，那么就会有提供这些违禁物品的人。比如毒品、妓女、盗版商品。一个供给者被定罪判刑以后，还会有其他的供给者站出来弥补市场的空缺。[5]有的犯罪学家认为，即使暴力犯罪比如抢劫罪、杀人罪、强奸罪等，也存在市场。假如一个抢劫罪的犯罪人被逮捕以后，就扩大了另一个抢劫犯犯罪的可能性。[6]犯罪中的取代现象表明，剥夺方法的理论基础是站不住脚的。即使国家剥夺了某些人的犯罪能力，但是还有其他人来弥补市场的空缺来实施犯罪行为。从总体上来说，犯罪总量并没有减少。
（三）改造方法的作用缺乏实证资料的检验
从1800年到1975年，改造理论主导了美国的司法界。改造理论认为，只要通过适当的对待，犯罪人都可以转化为正常人。美国独立革命以后的第一个十年内，改造理论由Quakers创立。当时，在美国，所有的重罪都判处死刑。改造理论是对这种重刑思想的一种反应。这时候监狱产生了，犯罪人在监狱里通过阅读圣经和宣布放弃以后再实施犯罪而成为忏悔者。
对这种理论的批评既有来自理论上的，也有来自现实经验。从理论上来说，与剥夺方法一样，该种理论不能为刑罚提供确定的标准。犯罪人什么时候可以结束刑罚，什么时候改造完成？改造理论的答案是，把犯罪人改造到没有人身危险性的时候。因为没有确定人身危险性的科学方法，所以只能导致不定期刑。另一方面，改造理论可能导致不公平。在犯罪人实施了轻微犯罪行为时，但是因为犯罪人的严重的人格障碍或者严重的人身危险性，可能导致严厉的刑罚，因为这对于改造犯罪人和保护社会是必要的。
