从行政复议程序设计的角度分析，前述矛盾的存在，扭曲了行政复议程序，使得原本是比行政诉讼更简捷、更高效的行政复议之路不再如设计之初想像的那么通畅。如：对于材料不齐全的行政复议申请，本应按照行政复议法第五条的规定告知申请人提起行政诉讼，或者按照行政复议法第十七条的规定在5日内作出不予受理决定。而如果按照与这两条规定有矛盾的条文处理，行政复议之路将是：申请人提出申请——通知补正——不予受理（补正后材料仍不齐全）——申请人不服向上级行政机关提出申请——上级行政机关督促受理——上级行政机关责令受理或者直接受理——上级行政机关最终作出不予受理决定。这一程序无疑是非常之曲折，耗时又是非常之多，而最终处理结果仍然是不予受理。这样的程序难以体现效率，很不利于提高行政复议的公信力，不利于及时“定纷止争”。
三、解决冲突的建议
为了使行政复议制度真正能够发挥简便易行、快速化解行政争议的优势，建议在修改行政复议法时着重把握如下问题：
一是注意行政复议法、行政诉讼法、行政复议法实施条例三者间的一致性。最大可能地使行政复议程序体现简捷、快速、高效的特点，同时注意行政复议程序与行政诉讼程序的衔接。
二是注意同一法律中以及不同法律之间相关条文的逻辑关系，最大限度地消除不同法律条文之间的矛盾，既便于公众理解行政复议法，又便于办案人员的实务操作。
三是在修改时要注意理论与实践的结合。既要注重用最新的理论指导行政复议法的修订，又要注重对行政复议制度建立二十年来的实践经验进行总结，使修改后的行政复议法能够“通俗易懂、简便易行、监督有力、维权有效”。
