但必须承认，作为私法层面上的知识产权和公法层面上的反垄断和反限制竞争之间确实可能存在冲突的一面。知识产权滥用会阻碍自由竞争，专利的联合许可可能造成技术价格垄断、防碍技术创新、影响消费者利益。特别是与技术标准结合的专利联合许可这种后果更为明显。
既然知识产权与反垄断法之间存在着潜在的矛盾和冲突，那么就有必要采取措施来协调和避免这种矛盾和冲突。由于知识产权的基本性质是民事权利，是私权，尽管它也有公益目标，但主要和直接的还是为了私益目标；而反垄断法则主要是公法，是以社会为本位的，主要为了社会公益目标，因此，两者的潜在冲突在实质上反映了个体权利与社会整体利益之间在特定情况下可能存在的冲突。尽管市场经济要求遵行民事权利的充分和一体保护的原则，但在社会个体行使民事权利与社会整体利益发生现实的冲突时，则要求这种个体的民事权利应当受到一定的限制；因此，一般来说，当权利人在行使知识产权超出法定范围，与反垄断法通过保护竞争所要实现的社会整体目标（实质公平和社会整体效率）相冲突时，反垄断法应当优先适用，以对知识产权的行使行为加以必要的限制。这是符合反垄断法作为经济法的性质和宗旨的。
美国的《谢尔曼法》对于防止垄断的规制仅是一个政策目标，或者说是对法院裁判的概括授权，而不是一个具体可以操作的反垄断规则。法院或反垄断审查的行政机构，目前一般按照实质性标准判断市场主体行为是否违反反垄断法，即分析市场主体行为是否实际上限制了竞争，或者说，只有在竞争促进的效果无法抵消竞争限制的效果时，行为才构成反垄断法规制的对象。在美国判例法下，除非行为本身违法，比如联合定价，控制产量等等，有权机关多根据合理性原则认定是否构成垄断行为，即要对案件的竞争促进效果和竞争抑制效果进行综合分析和权衡，才最后确定行为是否属于反垄断法规制。
判定专利联营行为是否构成垄断，具体包括如下四步{15}：1．联合许可或企业合作是否降低或威胁现有的市场竞争程度，也即在没有企业同盟行为的情况下，本会发生的竞争是否因为联合许可而减少或受到威胁，如果不会降低竞争，则终止审查，审查通过。2．确定联合许可及其过程是否具有可见的、可衡量的促进竞争的效果。比如，联合许可协议是否促进互补专利的结合。促进竞争的效果应该明显而且可以度量化。如果没有前述促进竞争的效果，则终止审查，不予批准。3．联合许可协议以及相应的程序，是否是取得上述竞争促进效果所必须——仅仅必须的限制才可以被允许。首先是必要，而且必须是对竞争限制最小的选择，即实际上不存在限制竞争更小的选择。4．综合衡量促进竞争的效果和限制竞争的效果，如果促进竞争的效果强于抑制竞争的效果，则批准联营，反之则否。
结语
专利联营如同所有的企业联营行为，都具有限制竞争的先天嫌疑，从专利联营诞生之日起就受到反垄断法以及知识产权许可的行政审查制度的规制，但是，复杂的法律程序、高昂的律师费用以及在专利战略应用上的地位差别、信息获取不利等因素，使得被许可方要将专利联营中的不合理性去除相当困难，在国外进行反垄断诉讼就更是难上加难，而专利联营各方也有故意“鱼目混珠”的做法，将一个本应简化便利使用的专利联营变得越来越复杂，甚至明知可能构成垄断的风险，仍然为利益“趋之若鹜”，他们料定数量众多但却分散、弱小的被许可人必然“无财力、无能力”获得正义。
