具体而言，侦查人员在提出和验证侦查假说时，仍必须坚持无罪推定原则，用无罪推定原则来规范和指导侦查假说，为其设立必要的法律边界和证明规则。包括：第一，从无罪推定出发，“作案人假说”作为一种事实推测，不能改变犯罪嫌疑人的法律地位。从事实认识角度，侦查机关和侦查人员根据已有证据，可以推测谁是作案人。但从法律上讲，却无权认定谁是“罪犯”。因为，根据无罪推定原则，只要未经人民法院生效判决，犯罪嫌疑人的法律地位就只有一个——“无罪”。因而，从无罪推定出发，要求侦查机关必须保障犯罪嫌疑人依法享有各项诉讼权利，自觉维护其正当权益。第二，从无罪推定出发，“作案人假说”的证明责任只能由侦查机关承担。首先，无罪推定要求侦查机关不能凭空假说、无端猜测。特别是“作案人假说”，必须建立在初步侦查取证的基础之上。其次，如果侦查机关根据“作案人假说”采取侦查行动，特别是采取拘留、逮捕、搜查、扣押等强制措施，则要求侦查机关承担举证责任，即必须提出相当程度的事实根据和法律依据才能进行。否则，即为违法。第三；从无罪推定出发，在“作案人假说”无法证实时，法律上只能按“存疑从无”处理。“作案人假说”最终可能查实，也可能查否，或者既不能查实也不能查否。对于第三种情形，就必须从事实和法律两个层面加以区分处理：一方面，从事实认识角度，侦查机关可继续坚持原来的“作案人假说”，对涉嫌人继续开展侦查，直至查明全部案情；但另一方面，从法律处理角度，凡对犯罪嫌疑人已采取人身、财产等强制措施的，都应在期满后及时解除。不能以侦查假说尚未查否为由，来抵制对犯罪嫌疑人作出有利的法律处理。
（三）程序法定原则
程序法定原则，是现代刑事法治的一项基本原则，它有两个层面的要求：一是在立法层面，国家为了追究犯罪和保障人权，应当通过立法明确规定和设置相应的刑事诉讼程序；二是在司法层面，侦查机关、检察机关、法院和所有诉讼参与人进行刑事诉讼活动，都必须严格遵循法定的程序。根据第一层要求，有关刑事诉讼程序，属于“法律保留”的事项，只能由享有立法权的立法机关作出规定，执法者、司法者自身不能自行授权、自定规则。因为，如果允许执法者、司法者自定规则，则其必然会利用这一权力从有利于自己追诉、审判的角度来制定程序规则，从而导致权力的膨胀和扩张，侵犯犯罪嫌疑人、被告人人权。在某种意义上，侦查可视为侦查机关与犯罪嫌疑人之间的一场竞技，既然是竞技，则竞技活动的规则应由相对中立的第三方来加以制定，而不能由作为竞技一方的侦查机关自定规则。否则，这种竞技就没有任何公正可言。根据第二层含义，侦查机关及其人员必须遵循法定程序开展侦查，杜绝一切“法外侦查”和“法外潜规则”存在。如果在法定程序之外开展侦查，则侦查行为原则上应属无效，所收集的证据也应原则上予以排除。
在我国司法实践中，对程序法定原则的违反，主要有二：一是执法、司法机关“法外立法”现象严重：二是部分侦查权法外运行。在《刑事诉讼法》之外，公检法机关都制定了大量的司法解释、行政规章，甚至是许多不公开的内部规定。这些规定，在内容上相当宽泛，许多方面已超越了作为解释文本的《刑事诉讼法》本身，有些甚至直接对一些涉及国家司法机关权力配置和犯罪嫌疑人、被告人重大权益保障的事项作出规定。如公安部制定的《公安机关办理刑事案件程序规定》，把《刑事诉讼法》关于“犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明的，侦查羁押期限自查清其身份之日起计算”的规定，扩大适用于拘留，这显然是一种自我授权，有违法之嫌。在实践层面，一些技术性、秘密性侦查手段，如电话监听、秘密录像、诱惑侦查等，至今仍缺乏《刑事诉讼法》的明确授权，处于法外运行状态。另外，侦查实践中，先破后立、不破不立、先抓人后取证、协调定案等“潜规则”也大量存在，极大地冲击了法定程序，架空了《刑事诉讼法》有关规定。这些，都是违反程序法定原则的典型表现。
