一是公诉程序是司法机关(即公、检、法三机关)代表国家依法对构成犯罪的行为追究刑事责任的过程，是基于国家公权进行的具有单方意志的国家行为，是不可以讨价还价的，也不依受害人是否放弃追究而终止，至于损害赔偿，受害人只能依法提起附带民事诉讼。因此，作为可以自诉的轻伤害案件，如果受害人放弃自诉权，而要求公安机关按照公诉案件处理，一旦启动公诉程序，就不应再进行调解。
二是在公诉程序中进行调解，双方当事人难以在平等基础上进行，不能保障加害人的合法权益。如果在公诉环节进行调解，大多是在对犯罪嫌疑人采取了强制措施后进行的，调解双方当事人的法律地位明确不平等，一方在失去自由的情况下，急于获得人身自由，不惜放弃要求澄清事实、划清责任以及罪轻的辩解等诉讼权利，甚至同意受害人提出的不合理要求。而受害人一方自认为掌握着主动权，处于明显优势，尽最大可能索要赔偿。实践中，凡在公安环节或者检察环节调解达成协议的，基本都是在加害人被限制人身自由的情况下。
三是调解没有建立在平等的基础上，有些调解协议难以执行。由于调解协议是在刑事侦查中达成的，不具有法律效力，因此，有的受害人在得到了赔偿后，仍继续要求司法机关追究对方的刑事责任；有的调解协议达成后，犯罪嫌疑人拒不履行，受害人持调解书要求公安机关或者检察机关处理，公安、检察机关又不具备强制执行的权力，只好对犯罪嫌疑人再次采取刑事强制措施，极易引起双方当事人上访、告状，达不到调解的预期目的。如某市公安机关控申部门在8个月的时间内共受理群众来信来访2374件，其中伤害1116件，占接访案件总数的47%，伤害案件中轻伤害占绝大部分。
(二)公诉案件批捕前可以和解。
轻伤害案件大多是因为纠纷引起的，有的涉案当事人可能是父子、兄弟、亲戚、朋友、邻居、同事、同学等关系，有的虽然不是这些关系，但也没有更深的矛盾，往往是双方在极不理智的情况下发生的案件，受害方又在非常气愤的情况下要求公安机关处理，一旦公安机关对加害人采取刑事强制措施，受害人便会主动要求和解，并要求撤回控告。如果司法机关执意按照刑事诉讼程序进行移送审查起诉、提起公诉、最终判处刑罚，势必造成双方当事人矛盾激化，甚至成为世代仇人。为了达到较好的社会效果，有效化解人民内部矛盾，在侦查环节，尤其是在检察机关作出批准逮捕决定之前，应当允许当事人尤其是受害人再有一个选择的机会，即一旦双方当事人自行达成了和解，要求撤回控告，公安机关应当允许。
