（一）法律法规不健全
虽然行政问责制已经有了一个时期的实践，行政问责的法律、法规、规章和规范性文件很多，但目前还没有一部统一的、内容全面的行政问责法律，实践中需要问责的许多情形、程序等都没有相应的明确规定。各级和各地政府大多依据执政党的党纪来对行政部门领导实施问责，一些部门和地方结合自身特点制定了问责的行政规章，但重点不同、内容各异，且法律效力较低，因此适用性受到了很大的限制，对问责事件的指导缺乏普遍意义。这是产生“问责难、难问责”的主要原因之一。在2008年汶川地震全国哀悼日期间组织公款旅游的山东滨州市工商局长邵立勇，事后受到党内严重警告处分，被免去局党组书记、局长职务。5月初，邵立勇复出担任威海市工商局长。山东省工商局有关负责人称，调任邵立勇不违反规定。[1]这从一个角度说明，法律法规的缺失对问责制度实施的影响是巨大而深远的。
（二）部分领导干部对宪法精神领会不够
1982年宪法规定了行政首长负责制，这是对行政首长和政府进行问责的法律渊源。在当前关于问责制度法律法规不健全的情况下，领导干部应该以此为实施问责的最高法律依据，不出台与此相悖的法律法规，不实施与此相悖的问责行为。领会行政问责的宪法精神还应明白对政府和行政首长的问责是法定的权利和义务，具有法定性和强制性，不能滥用也不能放弃。这就可以大大减少“问责难、难问责”现象的发生。
（三）被问责的人对问责制度理解不充分
被问责的人通常对问责制度理解不够、不深、不透，往往认为被问责是自己倒霉，运气不好，而不知道这是自己承担责任的一种表现形式。由于各地执行问责制度的标准不一、尺度不一、效果也不一样，被问责的人就会参照评估自己所受问责的程度，常以此作为与问责机关讨价还价的筹码，最终形成一种公利与私利的交换。在这种交换中，少数人获得了私利，伤害的却是公共利益、国家的尊严和政府的诚信。
（四）自体问责问题多多
在不考虑党委在问责制度中的重要角色的情况下，当前的行政问责制度，大多以上级行政机关作为问责主体来实施，上级行政机关认为应该被问责的才会被问责，上级行政机关认为可以免于问责的就会免于问责，“大事化小、小事化了”是行政问责制实施过程中的潜规则。因此，在发生问责事件后，责任机关往往会去上级机关大力游说，以影响上级机关的问责决策。由于上下级的行政机关在长期的分权和合作过程中形成了事实上的利益共同体，在法律缺失的情况下，上级通常也倾向于维护下级的利益，这就增加了问责的难度。
（五）权力机关、媒体等监督不够，人民群众缺少话语权
在问责的博弈中，权力机关的地位没有得到充分肯定，其法定职权没有积极行使，很多情况下都只是配合政府的问责工作。作为监督主体之一的新闻媒体，其监督权受党和政府限制过多，自由监督的空间较小。正是由于权力机关和媒体的监督不力，作为公共权力让渡者的人民群众的话语权就被制度性地削弱了。而正是人民群众话语权的弱化，才造成民众在与责任机关和责任人的博弈过程中处于不利地位。给予人民群众更多的话语权，对于行政问责制度的完善具有至关重要的意义。
