宪法在总纲的第31条规定：“国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定”。宪法第62条规定，全国人民代表大会行使 “决定特别行政区的设立及其制度”的职权。宪法规定特别行政区制度的条款虽然不多，但这些条款概括地赋予了特别行政区制度以很高的法律地位。
1990年4月4日七届全国人大三次会议和1993年3月31日八届全国人大一次会议分别通过了《香港特别行政区基本法》和《澳门特别行政区基本法》，并先后设立香港和澳门特别行政区，作为中华人民共和国的一个享有高度自治权的地方行政区域，直辖于中央人民政府。并规定全国人民代表大会授权特别行政区依照基本法的规定实行高度自治，享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权。
《香港特别行政区基本法》和《澳门特别行政区基本法》，是与《民族区域自治法》、《地方组织法》具有同等效力的基本法律和宪法相关法。特别行政区制度作为一种在全国实行的制度，是我国整个国家体制的一部分，是我国地方制度的重要类型，它应与民族区域自治制度、体现人民代表大会制的普通地方制度一样，在我国的基本政治制度中应具有重要的地位。
在特别行政区实行的高度自治是有中国特色的地方制度，不是完全的自治。根据1985年《欧洲地方自治宪章》，地方政府确定并管理属于其各自职责内的、以本区域内居民的利益为目的的重要公共事务的权利，应通过以直接、平等、普遍选举权基础上实行的秘密投票方式自由选出的议员组成的地方议会来行使；地方自治还有赖于法律允许的地方居民大会、公民投票或其他任何形式的公民直接参与。换言之，西方意义上的地方自治主要是指地方政府作为全体居民组成的自治团体的一种自下而上的、固有的权利和责任，参与自治事务是居民的一项重要的权利，尽管地方自治要通过宪法和法律授予。但是，特别行政区的高度自治权是由中央依法授予的，不是香港、澳门特别行政区原来就有的，主要是指特别行政区立法、行政、司法机关对特别行政区事务的一种权能，且特别行政区的高度自治体现了行政主导。这些与西方国家的地方自治不完全相同。
