现在以党权干预司法的现象，并不鲜见。有些地方的司法机关甚至异化为一些贪官污吏、官僚权贵的家丁打手。他们越过法律程序，跨省抓捕那些批评检举当地党政官员腐败丑闻的公民，把他们扣以“侵犯名誉权”或“诽谤罪”，甚至“煽动颠覆国家政权罪”，投入监狱。或者半夜闯入民宅，不出示任何法律文书，就实施逮捕、抄家，实行先逮捕后罗织证据和罪名的“有罪推定”，长期羁押，不予审判，又拒不通知其家属；有的地方还搞什么罪犯公审大会，或押解妓女游街示众。这实际上是文革中无法无天的某些“要素”的复活。
这些不仅扭曲了党与司法的关系，而且涉及执政党同国家宪政体制的法理关系。党的十三大报告曾要求“划清党组织与国家政权的职能，理顺党组织与人民代表大会……的关系”。十六大报告进一步要求“规范党委与人大的关系”。现行宪法规定，全国人大是“最高国家权力机关”，这就表明在全国人大之上不能再有比它更高的国家权力机关。对比文革中产生的1975年宪法，曾在第16条中规定：“全国人民代表大会是在中国共产党领导下的最高国家权力机关”，这就无异于把执政党视为更高于人大的国家权力机关，或者是“国家最高权力机关”，从而混淆了党的政治领导与国家权力的关系。对此，1978年宪法和1982年宪法都作了更正，删去了“在中国共产党领导下”一语。
列宁讲过：“苏维埃高于一切政党。”（《列宁全集》中文第1版，第26卷第467页）“无产阶级专政不等于党专政，必须划清党的机关和苏维埃机关的界限。”（列宁在俄共第十一次代表大会上的讲话，转引自《斯大林全集》中文版第6卷，第224～225页。）我国执政党与人大的关系也应是如此。在国家事务中，人大的权力是至上的，人大高于一切政党，包括执政的共产党。诚然，我国宪法在序言中表述和肯定了中国共产党作为领导党的作用，但并未规定中国共产党是当然的执政党，二者是有区别的。共产党及其领导人要“执政”，必须通过每5年一次的人大选举，才能担任国家领导人，行使国家权力，依法执政。人们常说，我们党成为执政党“是历史的选择”，然而，我们也必须明白，“党的执政地位不是与生俱来的，也不是一劳永逸的。”（2004年9月19日《中共中央关于加强党的执政能力建设的决定》）早在1941年4月，邓小平在《党与抗日民主政权》一文中就指出“以党治国”的错误，严厉批评一些同志把党的领导解释为“党权高于一切”，遇事干涉政府工作，随便改变上级政府的法令，甚至把“党权高于一切”发展成“党员高于一切”。他尖锐地说：“‘以党治国’是国民党遗毒，是麻痹党、腐化党、破坏党、使它脱离群众的最有效的办法。”他明确表示：“我们反对国民党以党治国的一党专政，我们尤要反对国民党的遗毒传播到我们党内来。”（《邓小平文选》第1卷第10～12页、19页。）可惜的是，这种遗毒仍或多或少遗留至今。
