1．组织结构的层次性。整个有组织犯罪系统尤如金字塔形结构，其底部为相对简单的“临时性”系统，而顶部却是相当复杂的系统——黑社会性质的组织或黑社会组织。该系统的复杂性在于其内部的等级森严，呈垂直权力机构，上级对下级拥有绝对权力，下级必须无条件服从上级。从底部和顶部之间存在若干系统与上下层次相连接。中间层就其自身的组成部分来说，它们也是系统，但就更高层次的系统来说，它们是要素。由此可见，在整个有组织犯罪系统中各个要素在系统中的地位和作用不同，系统和要素是相对的，一个系统可能是上个系统的要素；一个要素对下个系统来说又可能是系统，既是其组织形态发展的表现形式，也是有组织犯罪得以发展的必要条件。层次结构系统往往较非层次结构系统发展快，且安全、高效。其原因在于：当具有层次结构的系统解体为各个层次的子系统时，各子系统结构并不因此而全部解体；而非层次结构系统一旦解体，即刻分解为零散的基本组成要素，全部结构必然崩溃。任何系统的发展都会遇到各种随机的扰动，有组织犯罪系统更为突出，其犯罪组织之间的竞争、火并、司法机关的严厉打击等，由于有组织犯罪具备组织结构的层次性，往往能够迅速弥补损失，重建更加完善的系统。
2．组织活动的目的性。有组织犯罪系统的目的性与其系统的开放性紧密相关。其组织活动的目的性体现在有组织犯罪系统内部要素与外部环境的相互作用中。有组织犯罪的基本目标是追求经济利益，当客观存在的非法需求信息输入时，犯罪组织会作出反应，即提供非法商品和服务，如毒品、赌博、卖淫等，进而垄断这些领域，获取更大的利益。这种反应作为信息的输出提供给外界他系统，而他系统又将此输出作为新的输入接受，并作出新的反应。因此，哪里存在非法需要，哪里的有组织犯罪活动就异常活跃，例如利用金融机构对金融业务的需求，利用某些地区或国家对投资的渴求，将非法收益投入金融机构或合法商业，大肆洗钱，从而使合法经济中渗透着非法“血液”。
3．组织功能分解协调性。有组织犯罪系统既具整体性特征，又具分解、协调性特征。有组织犯罪系统内部协调体现在设置专业与分工，犯罪组织的首领负责组织管理和意识形态，及各层面的协调，是该组织的智囊中心和领导核心，内外安全的保障者，对内执行首领指示，控制行动者的活动，保障组织活动的目的实现；对外利用合法身份、专业知识技能作掩护，或贿赂官员，为犯罪组织提供安全保障。具体执行犯罪活动者，设定具有专业技能的人从事专业性强的犯罪，如洗钱、电脑犯罪、伪造货币等，所设置的专业和分工形成若干个子系统，这些系统之间的相互联系和相互作用构成有组织犯罪系统整体，作为系统整体的各个组成部分并不因此丧失自身的特性，而是作为子系统发挥着自己的功能，它们一方面具有很大的自主权，另一方面通过内部的协同作用产生有序结构。有组织犯罪系统的外部协调体现在：为了其组织的生存，尽力为自己创造合适的外部环境，协调与同行之间、政权当局及社会各阶层的关系。
