在刑事诉讼中，刑事推定的运用，主要有以下三方面的功能：第一，帮助指控的功能。在以无罪推定为根本理念和基本原则的现代文明之刑事诉讼中，为了实现人权保障，诉讼证明的责任全部由行使国家权力的追诉方承担，这几乎成为一种共识。刑事证明责任的如此划定，相对于有罪推定原则下无视人权的野蛮刑事诉讼而言，无疑是一个重大的进步。但是，事物不可能是绝对的，刑事诉讼的客观规律证明，要通过举证揭示案件真实，实现裁判的客观公正，刑事诉讼证明责任完全由追诉一方全部承担是很难做到的，是一种绝对化的要求。而科学地运用推定可以合理地分配证明责任，消除对某些事实加以举证和证明上的困难。由于推定事实不需要证据证明，因此对于这部分事实而言控方就被免除了证明责任，而被追诉方要想否定推定的事实，则必须承担证明责任。这样，对于某些控方难以直接用证据证明的事实，运用推定使控方的追诉更容易进行。第二，政策实现功能。推定经常被用来表达立法者所倡导的某种价值取向，实施立法者所提出的某种社会政策。由于刑事推定是针对一些特定的、难以追诉的、但又必须惩罚的犯罪而有条件地采用的、方便、鼓励追诉（免除控方证明责任）的证明方法，刑事诉讼中允许采用这种有利于指控的刑事追诉，显然是向社会公众彰显国家对某些带有倾向性的重要、重大犯罪的特别关注：对其必须采取严厉的刑事追究。在近期，刑事推定的政策实现功能，最典型地表现在国际社会对打击腐败犯罪和有组织犯罪的严厉态度中。当今世界，腐败犯罪、有组织犯罪已经成为全球性的重大问题，对社会的稳定与安全造成了严重的威胁，并严重破坏了民主体制和价值观、道德观以及社会正义，危害着可持续发展和法治国家的建设。为了有效地打击腐败犯罪和有组织犯罪，联合国《反腐败公约》、《打击跨国有组织犯罪公约》都规定犯罪中的明知、故意、目的、目标等主观状态可以从客观实际情况中加以推定。第三，直接认定犯罪的功能。有学者认为：“刑事推定只能是用来推定事实和确定责任，一般而言不能直接用来推定有罪。刑事诉讼证明标准强调的是必然性的结论，刑法因果关系要求犯罪行为与犯罪结果之间必须存在必然的因果联系，如果要确定某人有罪，必须有充足的证据去直接证明。”[4]我们认为，对于大多数一般刑事案件来讲，通过由追诉方承担证明责任是能够达到刑事诉讼证明标准和要求并完成诉讼任务的。但是，证明犯罪是一项十分复杂、困难的事情，需要实事求是地根据诉讼实际情况，采取相应的有效证明手段和方式，特别是对一些隐蔽性、复杂性极高的腐败犯罪、有组织犯罪等案件，如果只是机械地、绝对地强调由追诉一方承担证明责任，而把原本有条件、可以合理举证的被追诉方完全排除在外，就会人为地造成刑事追诉难以实现，从而阻碍有效地惩罚犯罪。刑事推定的运用减轻了控方的证明责任，减少了控方需要证明的某些重要的证明对象，尤其是推定事实一旦成立（反驳不成立），就是对犯罪的确认。因此，这就等于在法律能够允许的范围内，一定程度上可以不用证据证明犯罪而用逻辑推理来确认犯罪事实的存在，这实际上就是不按常规（常规条件下，认定犯罪必须满足必要的证据条件）而直接认定犯罪。
