我国未来刑事诉讼法修改中建立何种公诉审查程序？回答这个问题，首先应明确我国公诉审查欲达到的目标。正如美国大法官卡多佐所说：“主要的问题不是法律的起源，而是法律的目标。如果根本不知道道路会导向何方，我们就不可能智慧地选择路径。”[54]我国公诉审查程序的构建应遵循以下原则：
首先，适合我国诉讼制度和司法体制的原则。英美起诉前的审查模式，是与独特的预审法官制紧密结合的。我国目前还不具备建立起诉前审查的法院体制基础。同时，也不能简单地恢复1979年我国全案移送下的公诉审查模式，该种模式的缺陷性是不容忽视的。未来的公诉审查模式应属于审判程序中相对独立的阶段，属于起诉后的审查，这符合我国现行法的诉讼模式和司法体制。
其次，保障审判公正的原则。为保障审查的实质性、信息的对等性，应实行全案移送审查制度；为了排除预断，除适用简易程序、被告人认罪答辩程序的案件外，审查后，证据材料退还检察官，实行审查法官和审判法官分离制；为防止心证污染，对属于法律规定的强制性非法证据排除范围的，在公诉审查程序中予以排除。这样既保证了审判的相对公正，又避免了诉讼的不适当拖延。
最后，效益原则。既要保证公诉审查功能的合理发挥，又要避免审查程序过于繁琐造成的诉讼拖延、司法投入过高。简单型公诉审查类型，对于抑制滥行起诉更有效、预断排除更彻底，但功能过于单一，不利于公诉审查程序整体效益的发挥。而复合型公诉审查程序在发挥程序整体效益上优于简单型公诉审查程序，但过于强调法官的职权，同时把公诉审查程序作为为庭审程序之一部分，混淆了公诉审查程序和庭前准备程序性质的差异，不利于预断的排除。在我国法院案件压力大、诉讼效率低的现实下，公诉审查程序的设计应以复合型为基础，但须排除复合型模式下法院主动收集、调取证据等过于职权的功能，同时把属于庭前准备程序的功能从公诉审查程序中剥离出来。此外，为体现公正和效率的合理平衡，应实行权利型和义务型相结合的公诉审查模式，对被告人有重大影响的事项，辩护方提出异议的，应当开庭审查；没有异议的，实行书面审查。
（二）构建我国公诉审查程序的设想
1．设立刑事起诉审查庭
起诉审查庭的设置以最高法院的改革为样板，在全国各级法院设立立案二庭，更名为刑事起诉审查庭。起诉审查庭的主要职能包括：对审前人身强制措施的控制；刑事自诉立案；公诉审查；管辖权异议；依申请收集、调取证据；排除非法证据；保障辩方阅卷权等审前程序性控制职能。负责起诉审查的法官，不得参与以后该案件的任何程序。限于本文论及问题的限制，在这里仅论述起诉审查庭与公诉审查有关的职能。
2．起诉与辩方阅卷
检察机关提起公诉，由刑事起诉审查庭受理。起诉时，应将起诉状和证据、案卷材料一并移送，对于已经收集到的证据，没有移送的不得在审判时作为对被告人不利的证据出示。在正式审判之前，检察官所收集到的证据应随时移送。起诉审查庭收到检察机关的起诉材料后，指派法官负责对案件进行公诉审查。审查法官应及时通知辩护方阅卷。被告人或辩护人应在5日之内到法院进行阅卷。其理由在于：由于我国目前起诉方式的缺陷，改革现行法的起诉方式已经势在必行。如何改革有两种方案：一是起诉状一本主义；二是全案移送主义。由于保障起诉状一本主义发挥作用的配套措施在我国并不具备，同时也不符合我国诉讼模式和司法体制，且单纯的起诉状一本主义易导致公诉审查的缺失和庭前准备的简略。我国刑事诉讼整体上仍属于职权主义，不可能单独移植当事人主义下的起诉方式。全案移送只要能做到有效防止预断，其优势不容忽视。是否应在公诉审查程序中进行双方证据开示？[55]我国刑事诉讼在审前程序中属于超职权主义，控辩双方在取证能力上力量对比悬殊，且法律并不支持或鼓励辩护方调查取证，在证据掌握上检察机关拥有绝对的优势。为了弥补辩方弱势，通过在公诉审查阶段的阅卷，保障辩方证据的先悉权。这比单独进行证据开示程序更有利于保护辩护权的实现，同时也不会给控方造成实质性的不利影响。
3．书面审查
除需要听证的案件外，公诉案件由起诉审查法官进行书面审查。审查内容包括两个方面：一是起诉实体要件的审查；二是起诉形式要件的审查。审查应自阅卷期满之日起10日内进行完毕。经审查作出如下裁定：（1）交付审判。对于指控事实清楚，证据充分的，作出交付审判的裁定。（2）驳回起诉。对于证据不充分，显不足以认定被告人构成犯罪的，裁定驳回起诉。（3）排除非法证据。对于证据明显违法，属于强制性排除范围的，裁定排除非法证据。（4）不予审理。具有下列情形之一的，裁定不予受理：一是不属于本院管辖的；二是曾被驳回起诉或撤回起诉，没有新的事实、证据，或证据没有发生实质性变化，再行起诉的；三是对于“证据不足、指控罪名不能成立”的无罪判决，再行起诉的。（5）终止或中止诉讼。对于被告人不在案的，或具有阻却审判其它事由的，裁定中止诉讼；对于具有我国《刑事诉讼法》第15条第（二）到（五）项规定情形之一的，裁定终止诉讼。除交付审判、管辖权异议、排除非法证据裁定外，裁定作出后，必须立即释放被羁押的被告人或变更强制措施。
4．听证审查
阅卷之后，被告人或辩护人如果提出以下异议或者起诉审查法官认为必要的，应当进行听证审查：一是对案件的管辖权有异议的；二是认为检察官起诉不符合法定起诉条件的；三是提出非法证据排除的。对于被告人提出上述异议，而没有委托辩护人的，起诉审查的法官应当为其指定临时辩护人。
听证的一般程序是：由起诉审查法官主持，检察官和被告人或辩护人参加。听证实行自由证明规则，传闻证据可以使用，必要时可以传唤证人出庭作证。听证开始，先由检察官陈述和举证，然后由被告方答辩和举证，双方答辩原则上以一次为限，最后由法官作出裁决。庭前听证自辩护方阅卷期满之日起15日内进行完毕。
