在我国司法实践中，由于“隐形程序”的暗箱操作，使得合法、规范的程序被弃置不用或成为走过场，而真正起决定作用的“隐性程序”所具有的秘密性和单方性，使得当事人的合法权益在很多情况下难以得到应有的保障。
由于“隐形程序”没有明确的法律依据，缺乏固定的表现形式与载体，使得当事人无从知晓或缺乏相应的知悉渠道，因此，当事人的知情权无法得到保障，程序的参与权和监督权更是无从谈起。多方参与的程序可以为控辩双方均提供一种参与裁判制作过程、影响裁判结局的机会，使双方能够通过进行说服、协商、争辩等理性方式左右、制约裁判的结果，从而成为自身实体权益乃至个人命运的决定者。然而，仅有单方参与的“隐形程序”却剥夺或弱化了诉讼当事人参与诉讼程序、影响裁判结果的机会和权利，从而使其产生强烈的不公感，这种感觉源于他们的合法权益受到司法机关的忽视，他们的道德主体地位遭受否定，他们的人格尊严遭到了贬损。
此外，由于“隐性程序”缺乏必要的约束和监督，容易滋生司法腐败，诱发司法不公，进而严重损害司法的权威性。“一切有权力的人都容易滥用权力，这是一条万古不变的经验”[13]而缺乏民众监督与制约的“隐形程序”更为某些人员攫取个人利益提供了便利和可能。
三、刑事司法环境的完善
基于“隐形程序”对刑事司法活动所带来的各种负面影响，应当对“隐形程序”进行必要的改造。在刑事司法过程中，应当贯彻程序公开、透明的原则，充分保障当事人的合法权益，以完善我国的刑事司法环境。
（一）将“隐形程序”转化为“显形程序”
司法活动必须遵循法定程序，符合法律要求。这种合乎规范性的要求，是司法作为一种重要的社会冲突解决方式所具有的形式正义和能够为社会所认可的基本根据之一。因此，应当逐步吸纳成熟、理性的隐形程序和规则，将司法实践中某些有价值的“隐性程序”进行系统地梳理和规范，按照有关的法制原则进行修正、补充和完善，并适时地上升为法律或有关的司法解释，使其从隐形走向公开，只有公开的程序才能使人理解并真正服从，从而树立司法权威。同时，这种将司法实践中成功的经验和做法上升为法律的过程也符合法律创制的过程。通过使“隐形程序”由幕后走向前台，主动接受民众和舆论的监督，刑事司法活动得以在公正与公开的司法环境中进行。
（二）取缔不合理的“隐形程序”
