其一，要不要司法审查。国内大多数行政诉讼法学者，鉴于行政案件的公益性，在行政诉讼中职权主义和职权探知主义占支配地位，和当事人处分主义支配的民事诉讼具有不同的特殊性质，所以主张对行政撤诉申请应该予以司法审查。[1]也有少数学者认为，按照诉讼构造原理，法院应当是中立的、被动的裁判者，法官不应主动追诉，根据行政诉讼法律的规定，在法院裁定不允许撤诉的情形下，法院不但成了裁判者，还担当了追诉者的角色，即一旦上了法庭，不管你愿不愿意，只要行政行为违法，就要继续审下去。这种制度体现了浓厚的职权主义色彩，但在现实中是失效的，司法实践从来没出现过不准撤诉的情况，所以主张行政撤诉申请审查规则完全没有必要，理应废除。[2]
其二，如何进行司法审查。赞同对行政撤诉申请予以司法审查的学者，在对如何进行撤诉审查问题上没能达成共识。多数学者基于法规出发，认为对行政撤诉的申请应进行全面的司法审查，既要从形式方面进行审查，同时也还必须从实质角度予以司法审查，包括审查原告申请撤诉是否自愿，被诉行政行为或变更后的行政行为是否合法，撤诉是否会给国家、集体、社会公共利益及他人合法权益带来损害等实质性问题。也有学者认为，人民法院对撤诉申请，只需进行形式性的司法审查，包括申请撤诉的主体是否适格、申请的时间是否合法、是否采用书面申请的形式等方面。[3]
笔者认为，必须把当事人的撤诉申请纳入司法审查的范围，这是个原则问题，绝不可放弃和动摇。行政诉讼撤诉申请审查规则具有充足的正当性：
(1)对撤诉申请予以审查是达致行政诉讼宗旨的必然要求。《行政诉讼法》的立法宗旨表现为互相关联的三个方面：保证人民法院正确、及时审理行政案件；保护公民、法人和其他组织的合法权益；维护和监督行政机关依法行使行政职权。其中，除“保证人民法院正确、及时审理行政案件”外，“保护公民、法人和其他组织的合法权益”与“维护和监督行政机关依法行使行政职权”的立法宗旨是一个问题的两个方面，要实现保护公民、法人和其他组织合法权益的立法宗旨，必须对行政机关是否依法行政进行监督，并通过行政诉讼程序纠正违法的行政行为。而要达致监督行政机关依法行政的目的，也必须通过保护公民、法人和其他组织的合法权益之手段来实现。在监督行政机关依法行政和保护公民、法人和其他组织合法权益这两项宗旨的比较上，笔者认为是互为手段与目的的关系，不可轻言孰轻孰重，不论是哪一宗旨的实现，均离不开对行政行为的合法性审查，对行政行为的合法性司法审查无疑是监督与保护宗旨达致的惟一路径。因此，《行政诉讼法》确立了对行政行为合法性审查之基本原则。人民法院作为依法行使审判权的国家机关，其权力运作模式具有消极、被动的特点。不告不理是司法权运作的普遍原则。在行政诉讼活动中，这一原则表现为行政行为所侵害的相对人或利害关系人的合法权益是否能得到司法救济，首先取决于该行政行为的相对人或利害关系人是否主动行使起诉这一程序性权利，如果无人向人民法院起诉，即使人民法院发现了或了解到行政机关的行政行为违法，侵犯了公民、法人或和其他组织的合法权益，也不得主动启动行政诉讼程序对行政机关的行政行为进行合法性审查。行政诉讼程序是否启动，完全决定于与行政机关行政行为有利害关系的公民、法人或者其他组织的自由意志，人民法院无权干预。但是，行政诉讼程序一旦因起诉而启动，法院就获得了对相对人合法权益的保护权，同时也拥有了对行政行为的监督权，若对当事人的撤诉申请不作司法审查，完全取决于当事人的自由意志，法院就无从对行政行为施以监督，《行政诉讼法》所确定的对行政机关的司法监督宗旨就无法达致，也就无法维护公民、法人或其它组织的合法权益。
