“杨佳杀人案”给人们留下的思考则是：当事人能否拥有鉴定的启动权和鉴定程序的参与权？显然，忽视当事人的鉴定启动权和参与权，会影响鉴定结论的公信力，进而削弱诉讼程序的公信力。当然，从“邱兴华案”到“杨佳案”，体现了我国刑事诉讼的进步，但这种进步还远远不够。
四、关于合理配置鉴定启动权的设想
由于受到各种客观因素的制约，我国刑事诉讼的社会控制任务仍然十分紧迫，期待我国刑事诉讼模式迅速转向当事人主义，一步到位实现鉴定启动权的双向配置是不现实的。当务之急是在不削弱警检权力的情况下，落实辩方的鉴定启动权和救济权。笔者认为，应当借鉴法国的鉴定启动模式，合理配置我国的鉴定启动权，具体设想如下：
（一）赋予辩方有条件的独立启动鉴定程序的权利
根据《法国刑事诉讼法》第156条规定，预审法官或者审判法官在案件遇有技术问题的情况下，可以依检察院或当事人的要求，或者依职权命令进行鉴定。由于我国没有预审法官，可以考虑在侦查阶段，由犯罪嫌疑人或者其辩护人向侦查机关申请司法鉴定（包括进行补充鉴定和重新鉴定）；同时规定，如果侦查机关不同意进行司法鉴定，则犯罪嫌疑人和辩护人、近亲属、利害关系人可以自行聘请鉴定人独立开展鉴定。即辩护方的鉴定启动权包括申请鉴定和独立委托鉴定两种形式，其中独立委托鉴定以申请鉴定被侦查机关拒绝为前提。这样，既有利于促使侦查机关依法及时启动鉴定程序，也有利于保障犯罪嫌疑人的合法权益。
为了确保当事人鉴定启动权的落实，法律还应当规定，侦查机关对犯罪嫌疑人一方委托民间机构实施的鉴定负有配合的义务。我国已经建立了覆盖全国的司法鉴定机构网络，民间的司法鉴定机构可以满足大多数技术性问题的鉴定需要，技术力量上不存在问题。如果继续固守鉴定启动权的控方垄断体制，显然与鉴定体制改革的初衷是相矛盾的。既然鉴定机构已经社会化、中立化，在民事诉讼中当事人可以自行启动鉴定程序，那么，在刑事诉讼中也应当允许当事人自行启动鉴定程序。但是，由于鉴定的对象、样品、检材等通常掌握在侦查机关手中，如果侦查机关对犯罪嫌疑人一方启动的鉴定不予配合，那么其鉴定启动权仍然无法实现。因此，作为对当事人鉴定启动权的一种保障措施，确立侦查机关的配合义务是完全有必要的。
（二）设立鉴定听证程序
《刑事诉讼法》第150条规定了人民法院对公诉案件的庭前审查制度，第159条进一步规定：“法庭审理过程中，当事人和辩护人、诉讼代理人有权申请通知新的证人到庭，调取新的物证，申请重新鉴定或者勘验”。吸收这两条规定的精神，同时考虑到对当事人鉴定启动权的保障，解决司法实践中申请重新鉴定缺乏可操作性的问题，可以考虑在庭前审查阶段增设一个庭前听证程序，专门用于受理和审查当事人的各种证据申请。审查的标准是关联性、必要性和可行性，即以案件事实的关联性为前提，以查明事实的必要性为准则，以客观上可以实施为条件，对当事人的证据申请决定取舍。经过公开的听证程序后，法院如果不同意辩方的证据申请，应当在合理时间内作出裁定，而辩方对法院不予鉴定的裁定还可以提出中间上诉。这样，既有利于保障被告人或其辩护律师合法的举证权和鉴定申请权，便于法院借助于控辩双方的举证、质证和辩论准确地查明案件事实，又有利于防止被告人或者其辩护律师滥用诉讼权利，或者以申请鉴定为借口转移诉讼焦点和拖延诉讼时间。
