显然，我国的鉴定启动模式严重忽视了被指控人的诉讼权利，也妨碍了对案件事实的准确查明。鉴定启动权的单向配置还剥夺了当事人、被指控人和利害关系人对鉴定结果的合法期待。所谓合法期待不一定就是期待免于刑事责任，也包括“死得明明白白”的期待。如果司法机关剥夺了这种程序性权利，由此导致的结果是当事人对鉴定结果的不信任。因为在当事人看来，属于“暗箱操作”获得的鉴定结论即使实体结论是客观的和科学的，恐怕也难令人心服。由此往往引发当事人动辄申请补充鉴定和重新鉴定，空耗诉讼资源，甚至引发对裁判结果的不满。
杨佳的“7.1杀人案”较邱兴华的“7.16杀人案”在司法程序的惟一进步是：司法机关对当事人启动了司法精神病鉴定程序。然而，由公安机关主导的单向型鉴定由于缺失辩方的参与，其公正性、客观性和科学性仍然不能令人信服，杨佳的辩护人因此向法庭提出重新鉴定申请。[5]类似的情况在我国当代刑事司法实务中不断重现。
（二）我国鉴定启动权配置不合理的原因分析
1．把鉴定启动权视为准司法权
把鉴定启动权视为准司法权后，当然就只能由官方机构垄断，其观念基础是对官方机构的高度信赖。按照达马斯卡的观点，英美法系刑事诉讼属于“纠纷解决型”，司法的职能是解决国家与当事人之间的刑事纠纷，控方地位被当事人化；而大陆法系的刑事诉讼表现为“政策实施型”，司法的职能除了解决刑事纠纷外，还负责实现国家政策，控方的诉讼地位被官方化{2}。因此，大陆法系国家在传统上表现出对官方行为的高度信赖。而我国刑事诉讼的政策实施型色彩更是浓郁，在各种准司法权的配置上，如限制公民人身自由的逮捕、拘留权，妨碍公民隐私权的搜查权，妨碍公民通信自由的监听、窃听权等，统统委诸侦检机构自行决定和实施。同样，我国把鉴定启动权也视为准司法权，高度信任官方机构可以做到客观中立，以至忽视了控方自身还存在根深蒂固的追诉犯罪的强烈欲望。
2．司法权相对于侦查权的弱势
在诉讼构造上，我国刑事诉讼的“行政治罪”的色彩较为浓郁，“控辩对抗”的诉讼色彩相对淡薄，侦查机关被赋予强大的社会控制职能，表现出对司法权的强势，这是不争的现实。从总体上看，我国刑事诉讼仍然属于典型的职权主义甚至超职权主义的模式，审判的中心地位未能得到确立，诉讼程序被分割为公、检、法三机关相互接力的三个阶段。因此，与控方可以自行决定实施拘留、逮捕、搜查、扣押等程序性实务一样，控方也可以自行启动鉴定程序而无需接受中立的司法审查。
3．对辩方启动鉴定程序的不信任
官方机构大概会这样认为，辩方聘请的鉴定人通常会把自己视为辩方的一员。美国学者郎贝因（John Langbein）曾把专家证人比喻为“萨克斯风”，律师演奏主旋律，指挥专家证人这种乐器奏出令律师倍感和谐的曲调{3}。因此，由辩方发起的鉴定程序，其鉴定的中立性和客观性受到官方机构的怀疑。我国的鉴定机构已经民间化、社会化，受经济利益、职业竞争等因素的影响，鉴定人有可能迎备委托人的期待，在这种背景下，这种怀疑无疑具有现实基础。而且，受大陆法系传统和印证式的证明标准的影响，我国法官对鉴定结论普遍比较“迷信”。我国法律未规定法官评价证据证明力时可以自由心证，对案件事实的证明标准既不是英美法的排除合理怀疑，也不是大陆法的内心确信，而是相互印证。相互印证要求支撑案件事实的各个证据之间，既要符合内在的逻辑一致性，又要符合外在的可检验性{4}。外在的可检验性要求各个证据组成的证据锁链必须满足本院审判委员会和上级法院的检验、复核，否则，判决结果很容易被上诉法院改判或撤销。鉴定结论往往处于证据锁链中的重要一环，其外在的可检验性十分突出，法官通常对之几乎不作审查，就当作定案依据。因此，一个具有鉴定资质的民间机构作出的鉴定结论，如果与控方的指控证据相互矛盾，将会使法官在取舍证据上面临难题。
