与侦检机关垄断性的鉴定启动权相比，《刑事诉讼法》没有赋予被指控人一方的鉴定启动权。嫌疑人、被害人根据《刑事诉讼法》第121条的规定可以向侦查机关提出补充或者重新鉴定的申请；到了法院审判阶段，当事人和辩护人、诉讼代理人根据《刑事诉讼法》第159条规定可以申请重新鉴定。从这些规定来看，辩方、被害人只能针对控方已经形成的鉴定结论提出补充或重新鉴定的申请，而不是启动一个独立的鉴定或反鉴定。辩方所拥有的不是主动性的启动权，而是被动性的回应权。可见，我国的鉴定体制是一种单向配置型的。
2．鉴定启动的控方主导型
从《刑事诉讼法》第119—122条和最高人民检察院制定的《人民检察院刑事诉讼规则》第199—209条规定来看，整个鉴定程序表现为典型的“控方主导型”，控方对鉴定有以下权力：（1）决定实施鉴定；（2）选择或指定鉴定机构和鉴定人；（3）配合鉴定人开展鉴定工作，如提供检材、样本，介绍有关情况；（4）自行评估鉴定结论，自行决定补充或重新鉴定。在控方主导的一系列程序性实务背后，是中立的司法审查的缺位，故鉴定的权威性往往受到质疑。我国刑事诉讼实务中常常出现的重复鉴定、“鉴定大战”等现象，与这种不合理的“控方主导型”鉴定制度不无关系。由控方主导发起的鉴定程序，受诉讼目的的影响，鉴定结论并不一定能做到客观中立，特别是在对抗制诉讼模式下，这一点表现得更加明显。因为从控方的角度而言，往往对有罪证据更为关注，而且长期与控方合作的专家也很容易将自己视为控方的一员。英国学者指出：“事实上，在最近的十年暴露出的严重的审判不公的另一种特征是一些科学家被对抗制法律文化所诱入歧途或赎买。在一定程度上，所有的法庭科学家都屈服于制度的压力，这些专家使自己仅仅成为起诉方的一员，而不是公平的事实寻找者及坚定、可观的科学知识的传播者。”{1}
3．当事人参与权的缺失
与控方主导的单向型配置相对应的是，我国鉴定制度中当事人、利害关系人的参与权严重不足。无论是《刑事诉讼法》，还是各机关颁布的诉讼规则，关于当事人参与鉴定程序的规定几乎是空白。当事人除了拥有知悉鉴定结论的权利和申请重新鉴定、补充鉴定的权利外，再无其他权利。对于鉴定的启动，鉴定的事项、范围，鉴定机构和鉴定人的选任等等，当事人一方毫无置啄的机会，甚至连对鉴定人提出回避申请的权利都无法落到实处，整个鉴定程序毫无当事人的身影，而鉴定结果却与其利益息息相关。似乎鉴定权就是准司法权，当事人、被指控人只是准司法权作用的客体。
