其次，鉴定也是一种侦查手段，对侦查过程中的调查取证十分重要，由法院行使鉴定决定权会导致鉴定权的决定过程变得复杂，给追求效率的侦查工作带来许多负面影响。因此，笔者认为，可以将鉴定的启动权交给公安机关，毕竟在侦查阶段他们对案件最为清楚，由他们来选择是否需要启动鉴定程序是合理的。同时，赋予当事人鉴定申请权，他们认为应当鉴定的事项有权利申请公安机关进行鉴定，公安机关必须在规定期限内书面答复当事人的申请。对于公安机关拒绝鉴定的，当事人有权利向上一级公安机关申请复议。此外，还应当明确规定当事人和公安机关共同享有鉴定人的选任权，双方都可以提出自己认可的鉴定人，从而选出双方都同意的鉴定人进行鉴定。如此一来，不仅保障了当事人的知情权和平等参与权，打破公安机关的垄断地位。更关键的是通过实现当事人对程序的充分参与，可以大大提高当事人对鉴定结论的信任度，避免出现长期的鉴定拉锯战和不必要的司法资源浪费。
总体而言，首先应当建立鉴定人名册制度，使得鉴定机构不隶属于任何部门，确保其中立性；其次，在侦查机关享有鉴定启动权的同时，赋予当事人鉴定申请权以及规范相关的救济途径；最后，由当事人和侦查机关共行使鉴定人的选任权。
三、法院在立案侦查阶段对鉴定结论的认证
若如前文所述，当鉴定机构独立，鉴定决定权和鉴定人选任权的行使过程体现了程序平等的理念，问题还没有彻底解决。如果在立案侦查阶段出现了相互矛盾的多份鉴定结论，或者是一方当事人对鉴定结论有异议，应当由谁以及如何进行判断和选择呢？
（一）明确法院在立案和侦查阶段对鉴定结论的认证权
就目前现状而言，我国刑事诉讼中，侦查、起诉和审判三个阶段互不隶属，犹如工厂生产车间的三道工序。而学者们一直呼吁的“法院中心主义”，要求在刑事诉讼的其他阶段也能引入司法审查机制，特别是在侦查阶段，可是由于各种原因迟迟未能实现。如此一来，当在侦查阶段需要对鉴定结论做出认证和采信时，毫无疑问是由侦查机关排他地享有裁断权。按照诉讼法的基本理念，只有法院有权依据法定程序对证据的证据能力和证明力进行认证并予以采信，这是确保和体现程序公正的关键，更是审判独立原则之精髓，然而侦查机关却公然地侵蚀着法院对于鉴定结论这一重要证据的裁判权。这一权力不同于鉴定的决定权，后者仅仅是启动了一个程序，而前者却是针对案件的事实问题做出裁断权；后者出错了还可以通过其他途径予以救济，前者的错误则会蔓延至整个刑事审判阶段，并为冤案的发生埋下伏笔。
