（二）打破侦查机关对鉴定决定权和鉴定人选任权的垄断
鉴定机构独立之后，随之而来的便是谁有权力决定是否进行鉴定，以及谁来选择鉴定人的问题。其一，从现状来看，在侦查过程中，为了查明案情，需要解决案件中某些专门性问题的时候，侦查机关应当根据《刑事诉讼法》第119条指派、聘请有专门知识的人进行鉴定；其二，《刑事诉讼法》第158条规定，法院在审理过程中，为调查核实证据可以进行鉴定；其三，当事人无权自行聘请鉴定人，只能依据《刑事诉讼法》第121条和第159条申请补充鉴定或重新鉴定，同时还赋予当事人申请鉴定人回避的权利。从以上的规定可见，公安机关在立案侦查过程中，享有绝对的鉴定决定权和鉴定人选任权，法院的相关权力则被限制在审判阶段，当事人更没有任何发言权，加上缺乏相应的监督和制约机制，形成了公安机关内部鉴定机构得天独厚的垄断地位，自然难以让人相信其鉴定结论的真实性和客观性，同时也违背了程序正义之理念。
若能实现鉴定机构的独立，对这一现象能够有一定的遏制作用，但是要真正解决问题则必须充分保障当事人对以上权力行使的参与权和抗辩权。首先，对于鉴定的决定权，依据法律规定，鉴定结论所针对的必须是借助于专门知识和技能才能认定的事实问题，即鉴定之必要性。那么由谁来判断什么是“专门性知识”呢？绝大多数大陆法系国家都把鉴定的决定权交给法院，这意味着，在是否属于“专门知识和技能”的问题上，由法院行使判断权。从各国立法来看，法官行使这一权力的限制是非常少的。[4]但是为了防止法官滥用权力，有的国家通过立法针对某些特定的事项，比如：死因鉴定、精神鉴定、麻醉品鉴定等做出了强制鉴定的规定，可是由于具体实践中案件涉及的事实复杂多样，难以定出明确的标准，因此法官在鉴定决定权的行使上享有较大的裁量权。有不少学者也建议我国参考以上做法。然而将鉴定决定权赋予法院行使的国家普遍是由预审法官通过预审程序来实现，这显然与我国现有刑事诉讼体制不符，若要改变绝非一朝一夕之事。
