二、鉴定机构的独立、鉴定的决定权以及鉴定人的选任权
若要对我国刑事鉴定结论所存在的三大弊端予以改革，首先要做的便是打破公安机关“自侦自鉴”这一近乎“暗箱操作”的惯例，取消公安机关和检察院内部所设的鉴定机构，实现鉴定机构的独立地位。其次是在鉴定的决定权以及鉴定人的选任权方面实现双方当事人得到平等对待，改变双方权利的失衡。正如某位学者所说：“双方当事人对鉴定的决定和鉴定人的选任制影响力的差异，意味着强势一方在专门性问题上对知识的垄断；而弱势一方由于知识的欠缺必然在诉讼过程中陷于被动地位。”[1]从程序公正的角度而言，抑制强者权力的泛滥，保护弱者诉讼权利乃是当然之义，然而以上两种建议能够在多大程度上予以确立和实行却需要进一步探讨。
（一）鉴定机构独立和鉴定人名册制度
目前我国刑事诉讼中的鉴定结论绝大多数被公安机关内部所设鉴定机构所垄断，公安部门的法医占到法医总数的80％以上，呈现“一家独大”之势，加上在“自侦自鉴”模式的背景之下，这些鉴定机构缺乏监督和制约，其鉴定结论总是被当然地作为“最终结果”。在黄静案出现之后，法院内部的鉴定机构被剥离，检察院内部的鉴定机构被弱化，这在某种程度上非但没有对公安机关内部鉴定机构造成任何影响，反而使其影响更加突出。
面对其中的种种弊端，学者们都提出了诸多改革设想，较有代表性的是将鉴定机构从公检法部门中分离出来，设立独立于公检法之外隶属于司法行政系统或独立的自下而上的司法鉴定体制。[2]如果单从理论上而言，这一设想无疑有利于消除我国“自侦自鉴”模式导致的种种弊端，但是却会带来另外两种我们不愿意看到的后果：首先，独立的鉴定机构由于掌握着专门的知识而获得垄断地位，能够在许多涉及专业问题的案件中取代法院成为事实问题的裁判者。正如福柯在《规训与惩罚》一书中所说，随着社会的发展，法院的事实裁判权被越来越多地被外来者在无形中分享了。其次，独立的鉴定机构依然存在着自上而下的领导关系，这样一来级别的高低依旧是判断鉴定结论正确与否的标准。
有鉴于此，笔者认为，独立出来的鉴定机构不应当采取“自上而下”的管理模式，而应当吸取大陆法系国家的经验，建立鉴定人名册制度。所谓独立鉴定人名册制度是“由国家司法行政机关会同相关专业部门，将全国范围内具备某一方面鉴定资格的人员资料汇集成册，以备选任。针对现有的固定资格型鉴定人编制，并根据鉴定人的类别分别编制，如法医鉴定人名册，司法精神病鉴定人名册等等，同时向社会公布以确保其透明度。”[3]鉴定机构按照所属专业领域类别予以划分并受到相关专业部门的审查和监督，并不隶属于任何机构，保障了鉴定的中立性。这样不仅能够改变“自侦自鉴定”的暗箱操作模式，同时也可以避免鉴定机构之间级别关系对其鉴定活动独立性之影响。而对于前文所说的鉴定机构可能在专业性问题上取代法院成为裁判者这一潜在的弊端，则需要通过完善法院对鉴定结论之认证程序和采信标准，强化法院作为鉴定结论之“守门人”的角色来予以解决，这在后文将会详述。
