为什么来自最高法院的鉴定结论较之此前的5份鉴定更为客观科学呢？法院判决中对这一关键问题没有任何论证和解释便匆匆做出了评价。显然“自审自鉴”的模式在很大程度上迫使法院不敢也不愿意质疑上级法院司法鉴定部门的结论，同样的事情也发生在公安机关“自侦自鉴”的行为当中。因此本来应当以是否科学、客观和公正作为鉴定结论的评价标准，在这里却演变下级对上级鉴定部门结论的五条件服从。
（二）代义案——多份鉴定孰是孰非
在黄静案的影响之下，2005年2月28日，全国人民代表大会常务委员会通过了《全国人大常委会关于司法鉴定管理问题的决定》，其中主要内容之一便是：人民法院、司法部门不得设立司法鉴定机构，侦查机关可以设立司法鉴定机构，但不得面向社会。自此，法院“自审自鉴”的行为不再，可是这一改革却并未涉及公安系统“自侦自鉴”的行为。更关键的是，也没有对如何判断鉴定结论孰是孰非给出一个明确的指引，当多份鉴定结论之间存在重大分歧时，应当由谁判断，而判断的标准又是什么呢？全国人大常委会的这份决定更像是隔靴搔痒，并没有真正触及刑事鉴定结论的核心问题，因此事隔两年后代义案的出现也就不足为奇了。
2007年8月25日，时年38岁的妇女代义死亡，警方鉴定认为是服用了过量氨基比林咖啡因所致，但是代家却坚持认为，代义死于他杀，由此再度引发了旷日持久的鉴定风波。就鉴定过程而言，代义案可谓是黄静案的翻版：从最初当地警方出具鉴定结论排除他杀——由上级公安部门再次鉴定，维持了原鉴定结论——公安部物证鉴定中心再度维持结论——其他鉴定机构推翻警方鉴定结论——真正死亡原因成谜，参与鉴定的专家对于代义肝中有害物质的剂量是否足以致人死亡产生了重大分歧，各执一词，最终代义案留给人们的依然是一片迷雾。
（三）连丽丽案——鉴定结论与立案
在黄静案、代义案等多起引起司法鉴定争议的案件中，辽宁连丽丽案是惟一一起以事实推翻警方鉴定结论，迫使其立案侦查的案件。2000年6月29日，22岁的鞍山姑娘连丽丽死于当地一家大酒店，死前曾与人发生性关系，当地交通局干部尚尔琦被认为有重大嫌疑。但是警方初次作出的法医鉴定认为连丽丽系患急性出血性胰腺炎死亡，据此警方决定不予立案。连家人对此结论无法接受，在他们的强烈要求下，当地警方请公安部两名法医专家对该案复检，维持原结论，尚尔琦随后被释放。后来，连家人不断上访，使得当地检察机关出面委托最高人民检察院法医出具鉴定结论，认为：连丽丽是因酒因药引起胰腺出血死亡，虽然否定了胰腺炎导致死亡的结论，但是因为没有认定其死因是他杀，尚尔琦仍未被进一步追查。
