(二)公诉专业化的困境
三十年来，各地检察机关对公诉专业化进行了有益的探索，但存在的问题主要包括以下几个方面：
1 公诉专业化理论基础薄弱
目前，对于专业化建设的目光多集中于笼统的检察专业化建设方面，但是，对公诉专业化尚未进行理论探讨。由于公诉专业化的内涵不清，导致公诉专业化陷入困境。笔者认为，公诉专业化是基于公诉权能合理细化基础上的诉讼资源的合理配置以及诉讼程序的合理安排。但是，目前对于公诉权能究竟包括哪些方面，仍是理论探讨中的一个难点。有人认为，从权能划分上看，公诉权包含的权能从不同的角度出发可作不同的划分：对公诉权的权能作横向划分，可分为积极公诉权和消极公诉权，前者为起诉权，后者为不起诉权；作纵向的划分，公诉权应包含四项权能：公诉提起、公诉支持、公诉变更(包括公诉的改变、追加和撤回) 、抗诉权。[13]也有人认为，公诉权是复合性权力，具有请求性、执行性、决定性、制约性和建议性等特点，由公诉职权和公诉事权[14]构成。因此，公诉权究竟包含哪些权能，各个不同的权能之间究竟如何分配也就难以说清。
2 公诉专业化实践无序
我国在检察改革过程中，出于对刑罚目的的考虑和刑事政策的需要，进行了积极的探索，推动了公诉专业化发展。但是同时也存在一些问题，集中体现在公诉专业化实践本身的无序上，即各种实践探索没有一条主线贯穿其中，使得各项制度建设比较分散，没有形成整体效应。其根本原因在于实践探索与公诉权能的脱节，以及公诉主体专业化与公诉程序专业化的脱节。
如上文所述，在公诉主体专业化建设方面，检察机关形成了较为成熟的主诉检察官制度和专业化办案组制度。但是，全国各个地方，甚至北京市检察机关内部各单位之间，对于主诉检察官的专业化发展__方向，以及专业化办案组的设立标准上，并没有统一的认识，导致主诉办案组的组织形式、运作方式没有形成统一规定。[15]其根本原因就在于，主诉检察官制度没有与公诉权发展的内在规律形成良性衔接，使其成为无源之水。
随着公诉主体专业化建设从个人建设向组织建设的转变，专业化办案组应运而生，形成了“遍地开花”的局面。但是，目前的专业化办案组的形式，仍存在一些缺陷，需进一步完善。第一，专业化办案组的划分根据没有统一标准，考虑的要素涉及到承办的案件数量、案件类型、犯罪嫌疑人特点以及主诉检察官的业务能力等众多方面。[16]这种情况导致各个专业化办案组在承办案件的类型上产生交叉，既不利于积累办案经验，也不利于提高诉讼效率。第二，在以案件性质为标准设立的专业化办案组范围内，根据不同的案件类别进行组建，虽然有利于实现定罪标准的统一性，但是存在功能单一的缺陷。从诉讼目的看，导致目前的专业化办案组多集中于打击犯罪，对于服务社会、调整多元性利益而言，力度较轻。对于公诉权除追诉犯罪外的其他权能的实现没有起到很好的推动作用。
