（二）高等教育行政化的影响
高等教育行政化产生的影响（尤其是负面影响）无疑是广泛而深刻的。根据学者的归纳，它至少已在“官本位”思想泛滥、滋生学术腐败、造成机构臃肿、滋长浮夸与不实之风[4]等方面起到了巨大的推波助澜之效。笔者谨选取其中较为重要或者更加深层的问题进行一般性分析。
第一，高等教育行政化导致高校管理体制由“教授治校”转变为“官员治校”，从根本上违背了现代大学的基本理念。“教授治校”作为一种典型的社会自治，它是指大学作为一个社会组织，可以自由地治理学校、自主地处理学校的内部事务、最小限度地接受来自外界的干扰和支配。目前在世界各国，大学自治已是公认的惯例，意大利甚至在宪法第33条对“大学自治”原则作了明文规定[5]。大学自治的核心内涵在于学术至上，因此作为学术代表的教授全体对大学的治理权就成为大学自治的基本实现路径。然而反观我国现行的高等教育制度，大学的主要事权、财权均集中在本应扮演学术权力辅助角色的行政权力领域，而行政权力却又被紧紧掌握在严重官僚化了的校党政领导手中，教授治校的美好初衷遂被迫蜕变为官员治校的现实。
第二，高等教育行政化导致大学领导层于有关政府部门之间形成人事机制的互通，使得本应作为管理者的官员和本应作为学者的大学领导获得了便宜的角色互换平台。这就形成了应然角色于实然角色之间的错位。一方面，不懂学术、缺乏高校管理才能或经验的政府官员仅凭上级教育行政部门的一纸任命便得以充任大学的校长、书记等重要管理职务；另一方面，原以学术为业的教授、学者在晋升为高校管理层之后就进一步获得了到相关政府部门任职的可能，实现“学而优则仕的飞跃”。更为重要的是，这种期待可能使得现任的大学领导逐渐把精力和关注焦点转移到如何实现“地位提高”之上，从而极大忽视学校本身的建设与发展。
第三，高等教育的行政化人为造成大学之间出现等级差异，进而形成阶层的分化，引发有限的教育资源加速向“高等级”高校不合理汇聚，最终导致高等教育发展的失衡与分化。高校之间行政级差的形成，一定程度上造成了高等学校评价体系的紊乱。在级别分化的驱动下，对大学的评价标准很容易由单纯的学术科研水平转为行政级别高低，认为级别高与是否是一流大学划等号者大有人在，失衡的定位将会使高校一步步丧失获得进一步发展的客观依据，最终成为影响整个高等教育水平提高的重要障碍之一。
第四，过强的行政化色彩阻碍了大学的学术发展，简单的政治手段治理窒息了学术自由与空间。正如有学者指出的：“（当前大学）科研经费的申请、划拨方式完全是行政主导。行政性支配申请划拨方式则使得行政官员定科研题目，教授不得不投其所好；而行政主导的科研题目往往不是真问题，而是假问题。教学内容的安排，学科体制的确定，教学体例的设定，甚至于研究生招生考试科目的确定，大学教授是没有发言权的，这一切都是由学校及其教育行政主管部门说了算。”[6]原本开放、理性的学术权力运行规律，被“申请——审批”的简单行政管理模式所取代，而这种行政管理模式的实际运行又被基本不介入学术的“职业官僚”所操控，那么学术个性与自由被无限压制也就不足为奇了。
