2003年“著作权法”第91条还明确区分营利与非营利目的的侵犯著作权犯罪，设置不同的法定刑，并明确复制份数五份以下或侵害总额低于三万元者不罚。修正理由指出：根据TRIPS协议第61条的规定，对于具有商业规模的故意侵害著作权案件，需制定刑事程序及罚则；不具备商业规模的侵害行为，各国立法例多以民事诉讼程序救济，并不以刑罚处罚为必要；惟虽不具营利意图，但其侵害行为结果达一定之份数或金额者，对于著作财产权人仍将造成重大损害，因此，宜以刑罚遏止之。故就意图营利而以重制之方法侵害他人著作财产权，以及非意图营利而以重制之方法侵害他人著作财产权而其侵害结果达一定份数或金额者，予以刑罚处罚。
2003年“著作权法”通过后，在执行中遇到了一定的困难，例如，“意图营利”与“非意图营利”无法明确判断；“五份、五件、新台币三万元”的规定也不够明确，适用上容易发生疑义。因此，2004年修订的“著作权法”对上述规定再次进行修改，取消2003年“著作权法”明确区分营利与非营利目的分别设置侵犯著作权犯罪，并设立不同法定刑的做法；取消了“五份、五件、新台币三万元”等侵犯著作权犯罪的刑事门槛。当然，上述修改并非意味着任何不以营利为目的的侵犯著作权行为都会受到刑事制裁，对于轻微的犯罪行为，是否起诉与定罪处刑，检察官与法官仍会综合考虑侵害的金额及数量，予以自由裁量。
（二）以散布方法侵害他人著作财产权犯罪的修改
中国台湾地区2003年“著作权法”第91条之1规定：“意图营利而以移转所有权之方法散布著作原件或其重制物而侵害他人之著作财产权者，处三年以下有期徒刑、拘役，或科或并科新台币七十五万元以下罚金”；“非意图营利而以移转所有权之方法散布著作原件或其重制物，或意图散布而公开陈列或持有而侵害他人之著作财产权者，散布份数超过五份，或其侵害总额按查获时获得合法著作重制物市价计算，超过新台币三万元者，处二年以下有期徒刑、拘役，或科或并科新台币五十万元以下罚金。”该罪是2003年修改时新增加的，主要是与2003年“著作权法”增加“散布权”[11]相对应。
但到了2004年“著作权法”修改时，基于上述以复制方法侵害他人著作财产权犯罪中删除意图营利与三万、五份、五件的条件相同的理由，对于以散布方法侵害他人著作财产权的犯罪，也取消了“非意图营利”与三万、五份、五件等犯罪构成要件要素的规定。
（三）对以公开口述、公开播送、公开上映、公开演出、公开传输、公开展示、改作、编辑、出租方法侵害他人著作财产权犯罪的修改
中国台湾地区2003年“著作权法”第92条规定：“意图营利而以公开口述、公开播送、公开上映、公开演出、公开传输、公开展示、改作、编辑或出租之方法侵害他人著作财产权者，处三年以下有期徒刑、拘役，或并科新台币七十五万元以下罚金。非意图营利而犯前项之罪，其所侵害之著作超过五件，或权利人所受损害超过新台币三万元者，处二年以下有期徒刑、拘役，或科或并科新台币五十万元以下罚金”。与旧“著作权法”相比，此次修正增加了以公开传输方式侵犯著作权犯罪的规定，并以营利目的的有无区分刑罚轻重。此处的修改理由与以复制方法侵害他人著作则产权犯罪的修改理由相同。
