在“宪法”等法律法规对于TRIPS协议的域内法效力问题规定不明的情况下，中国台湾地区多数法院仍肯定条约有直接效力而自动适用，从而使国民均可以依据TRIPS协议主张权利，此举无疑强化了TRIPS协议对中国台湾地区的拘束力，但也由此带来了相当大的弊端。这主要是因为，包括TRIPS协议在内的WTO诸协议在成员方领域内的贯彻问题实际上已成为对外贸易谈判的重要筹码，“若是其它成员对一成员之解释适用TRIPS协议之方式有所不满，除了可以依循争端解决小组裁决外，另一个解决之道就是进行协商，以利益交换的方式换取该成员之合作，而若是该成员内法院直接适用TRIPS协议而审查其政府行为之合法性，自然减少其它成员进行利益交换的动机。”[8]简言之，自动适用TRIPS协议规范的直接后果就是，在发生国际知识产权方面的纠纷后，成员方少了一道与其他成员进行利益交换的筹码。
二、加入WTO后中国台湾地区侵犯著作权犯罪条款的修改问题
为认真履行TRIPS协议，并对美国的压力作出回应，加入WTO以来，中国台湾地区“著作权法”分别于2003年、2004年、2006年、2007年进行了修改。通过增设新罪、完善原有犯罪的构成要件等方式，建立起了世界高水平的侵犯著作权犯罪刑事立法体系。其中与贯彻TRIPS协议相关的修改主要有：
（一）以复制方法侵害他人著作财产权犯罪的修改
中国台湾地区2003年“著作权法”第91条规定：“意图营利而以重制之方法侵害他人之著作财产权者，处五年以下有期徒刑、拘役，或并科新台币二十万元以上二百万元以下罚金。非意图营利而以重制之方法侵害他人之著作财产权，重制份数超过五份，或其侵害总额按查获时获得合法著作重制物市价计算，超过新台币三万元者，处三年以下有期徒刑、拘役，或科或并科新台币七十五万元以下罚金。以重制于光盘之方法犯第一项之罪者，处五年以下有期徒刑、拘役，或并科新台币五十万元以上五百万元以下罚金。”此条即是以复制方法侵害他人著作财产权犯罪的规定。
此条中的“重制”，是指印刷、复印、录音、录像、摄影、笔录或其它方法直接、间接、永久或暂时的重复制作。与1998年“著作权法”相比，2003年“著作权法”扩大了重制的范围，把暂时性重制纳入其中，修改的理由是：按照TRIPS协议第9条的规定，成员方应遵守1971年伯尔尼公约第1条至第21条的规定。伯尔尼公约第9条第(1)项规定“受本公约保护的文学及艺术著作的著作人应享有不论以任何方式或形式授权重制其著作的专有权利”，为顺应数字化网络科技的发展，应参酌欧盟2001年著作权指令第2条及第5条第1项规定，修正“重制”的含义，使其包括“直接、间接、永久或暂时”的重复制作。考虑到惩罚暂时性重制行为影响最大的主要是网络浏览行为，[9]所以“著作权法”第22条第3项排除专为网络中继性传输等技术操作过程中必要的过渡性、附带性而不具独立经济意义的暂时性重制，使此类暂时性重制不列入著作权人专属重制权范围。[10]
