第二，对“不批准逮捕率”和“不起诉率”所作的明确限制，以及对那些超过不批捕和不起诉数量的检察官所作出的不利考核结果，会促使检察官尽量减少不批捕和不起诉的适用比率，而这无疑也会造成法律所规定的批准逮捕制度和不起诉制度受到规避。事实上，在检察机关人为地限制不批捕和不起诉的适用比率的背景下，很多本来符合法定的不批捕、不起诉条件的案件都被作出了批准逮捕、提起公诉的决定，这本身就带来批捕和起诉程序的搁置问题。
第三，无论是对侦查人员、审查批捕人员还是审查起诉人员，影响最大的考核指标当属法院的无罪判决数量和适用比率。当然，对于侦查人员和审查批捕人员而言，检察机关一旦作出撤销案件、不起诉等无罪处理决定，也会带来同样的不利考核结果。
以法院作出无罪判决的情况为例。迄今为止，法院假如对一个被提起公诉的案件作出无罪判决，负责起诉的检察机关在上级检察院组织的考核评比中会处于极为不利的境地，该检察院的检察长或者面临政绩不佳的评价，或者在职业前途上会受到不利的影响。而对负责审查起诉的检察官个人而言，各种不利的评价和影响可以说是“铺天盖地滚滚而来”。该检察官肯定会因此受到各种各样的审查，为此要反复地写出相关报告，并要向本院绩效考核、纪检监察等部门进行说明，甚至还要接受上级检察机关的审查，这还只是较为直接的后果。而作为间接的后果，检察机关很可能将该检察官打人另册，取消其评优创先的机会，在提拔使用上不作优先考虑，甚至调离所在的职能部门。[4]
既然案件一旦被作出无罪处理，负责侦查、批捕和审查起诉的检察官就要接受极为不利的考核结果，那么，这些检察官对于一个“依法应当按照无罪处理”的案件，还会安之若素地遵守法律程序，而被动地接受某种无罪判决结果吗？
为了避免案件被作出无罪的判决，很多公诉人都会本能地对承办法官施加影响和压力，并为此采取各种私下的沟通、联络和说服行动。在中国现行司法体制下，法院刑事审判庭的法官与同级检察院的公诉人，几乎形成了极为紧密的“同事”关系。有时候，检察官与法官还有可能产生各种各样的利益关系，形成一定的“利益共同体”。在此难以出现制度性流动的司法体制下，一个法官即便对于那些“事实不清、证据不足”的案件，也很难作出无罪判决。否则，就属于“不给检察官面子”、“破坏检察官声誉”的行为。法官不仅会因此得罪某一检察官，甚至还会被当地整个政法界视为“异类”。当然，在一些检察院与法官关系僵化的地方，检察院也有可能因为某法官作出无罪判决，而对该法官动用刑事追诉手段，以调查其涉嫌受贿的行为。这当然属于一种极为罕见的情况，发生的机率也不高。但检察机关作为“法律监督机关”，从理论上讲是可以对法官采取刑事追诉行动的。
在更多的情况下，遇有“事实不清、证据不足”的情况，法院往往不作出无罪判决，而是建议检察机关撤回起诉，或者直接按照“疑罪从轻”的原则，做出“留有余地”的轻缓裁决。即便是二审法院，迫于检察机关和下级法院的影响，也不会轻易作出无罪裁决，而是大量适用“撤销原判、发回重审”的裁定方式。而在案件被发回下级法院之后，法院或者作出准许撤回起诉的裁定，或者从轻量刑。毕竟，这样的裁决方式会使检察官避免因为法院作出无罪判决而受到的不利考核结果，也使检察机关避免承受国家赔偿的后果。近年来发生的一些影响重大的案件，如云南杜培武案、湖北佘祥林案、河北陈国清案等，[5]就都显示出这种裁判逻辑是存在的，而且在适用上具有一定的普遍性。
法院在绝大多数情况下，对于“事实不清、证据不足”的案件，不是按照刑事诉讼法的明确规定，做出“证据不足、指控的罪名不能成立的无罪判决”，而是秉承“疑罪从轻”的逻辑，做出“留有余地’’的有罪判决，或者做出准许检察机关撤回起诉的裁定。这当然属于“疑罪从无”规则被规避的典型例证。但造成这一程序失灵问题的重要原因，还在于前面所分析的量化管理和绩效考核制度，使得检察官会因为法院的无罪判决而受到各种各样的利益损失，也会使一审法院的法官因为上级法院改判无罪而受到不利的影响。或许，无论是检察官还是法官，即便已经充分意识到某一法律程序的重要性，但在现行的量化管理和考评机制下，一旦意识到严格遵守该法律程序会造成自己的利益损失，就有可能采取各种规避法律程序、架空法定制度的行动。检察官和法官并非存心要造成刑事程序失灵的局面，而是为了避免不利的考评结果，而不得不规避这些对办案人员来说不仅无益反而有害的法律程序。
