第一，“审结案件数”、“结案率”和“超期审案数”成为考核标准，会引导法官在单位时间内不仅追求最大的审结案件的数量，而且还会追求在尽可能短的时间内审结尽可能多的案件。这的确会促使法官减少不必要的拖延情况，提高办案的效率。但是，假如法官为满足这些考核标准而采取不适当的行动，那么，审判效率的提高和结案率的上升，就有可能带来审判质量的下降，更有可能促使法院不再严格遵守法律规定的诉讼程序。我们可以试问一下：刑事诉讼法所要求的开庭前的防御准备、证人出庭作证、控辩双方的交叉询问、辩护律师权利的保障、法庭对侦查行为合法性的审查以及对非法证据的排除等，究竟有哪一项会有利于提高效率和增加结案率呢？
第二，“调解率”和“撤诉率”的考核指标可能在自诉案件和附带民事诉讼案件中是非常重要的。这种硬性规定“调解结案率”和“当事人撤诉案件率”的做法，无疑会促使法官最大限度地追求以非诉讼方式来解决案件。但是，无论是当事人接受调解还是撤回起诉，这都属于“诉权”范围内的选择，当事人行使这些选择权需要以明智和自愿为前提，否则，就背离了法律设立调解和撤诉制度的本来目的。在法官作出合理的努力而仍然无法调解成功，也难以说服当事人撤回起诉的情况下，案件通过正式的审判程序进行审结，这应当是无可厚非的。而调解率和撤诉率的指标设定，却使法官因为承受到考核结果的压力，而不得不向当事人双方施加影响、诱导甚至压力，以便尽可能促使双方选择非诉讼的纠纷解决方式。这种迫使法官“偃苗助长”的考核机制，经常会导致那种“强迫调解”、“以判压调”甚至“胁迫撤诉”的现象出现，并最终使法律所规定的调解和撤诉程序难以得到实施。
第三，“二审发改率”指标的存在，通常会促使一审法官为减少二审法院发回重审和改判的情况，而选择各种变通的做法。例如，一审法官对于那些尚未结案的一审案件，主动向二审法院的法官进行“请示”和“汇报”，以求得到后者对该案件裁判结论的明确指示，从而按照这种指示作出裁决，这就使得一审裁判就已经体现了二审法官的意志和意见。这种发生在上下级法院之间的内部沟通做法，直接架空了上诉和抗诉制度，导致所谓的两审终审制名存实亡，上下级法院之间也难以保持最起码的内部独立。
至于在检察机关和公安机关内部，类似的量化管理和考核机制的存在，也会促使侦查人员、批捕人员和审查起诉人员为了取得较为理想的量化考核结果，而不惜规避法律程序，采取一些违反刑事程序法的变通做法。例如，根据某基层检察院制定的“目标量化管理及考核办法”，对于提起公诉的案件，“法院作出无罪判决，经审查确认法院判决正确”的，要对负责审查起诉的检察官“记一类差错，减6分”；对于批准逮捕的案件，“批捕后被作法定不起诉、存疑不起诉、退处、被判无罪，侦查监督部门负有责任的”，要对负责审查批捕的检察官“记一类差错，减6分”；对于检察机关自行侦查的案件，“立案后作撤案、不起诉处理，或者被判无罪”的，要对负责侦查的检察官“记一类差错，减6分”……需要明确的是，“一类差错”属于最严重的“差错”，“减6分”则属于最严厉的处罚。[3]不仅如此，迄今为止，几乎所有地方检察机关都对破案率、立案率、不批准逮捕率、不起诉率（尤其是逮捕后的不起诉率）作出了几乎苛刻的限制性规定，并为此构建了一个纷繁复杂的加分和减分的指标体系。
这种量化管理和考核机制对于检察机关遵守法律程序问题也带来了负面的影响。
第一，破案率的明确指标要求，往往会迫使侦查人员采取变通的方法进行侦查活动。尤其是考虑到检察机关在侦查贪污、受贿案件和渎职案件过程中，所能运用的侦查手段极为有限，包括监听、跟踪、诱惑侦查、秘密录像在内的各种“秘密技术侦查手段”，尚属于被严格限制使用的侦查方法，侦查人员还不得不过度依赖于那种原始的“预审讯问”手段，因此，所谓“变通”的侦查方法无非就是违反法律规定的预审讯问方法。
