2．公民创制提案申请拒绝之诉的性质——机关诉讼与课予义务诉讼的论争。德国地方自治层次的公民创制提案申请拒绝之诉，其性质归宿如何，近年来为德国实务界和学界争议的主要问题，现已产生两种见解。
德国巴登．威登堡和萨克森．安哈特两邦的《地方选举法》明确将对公民创制提案申请的拒绝定为行政处分性质。因此，应在经诉愿先行程序而未获得救济后依据德国《联邦行政法院法》提起课予义务诉讼中的“拒绝申请之诉”，请求诉愿机关或行政法院撤销原处分，并命原处分为准许之行政处分。由于拒绝申请之诉本质上即已包含撤销诉讼的功能，故即使原告在诉讼中未请求撤销原处分或原决定，法院仍应依职权撤销原处分或原决定则是法律的应有之义。当然，将公民创制提案申请拒绝之诉视为行政处分（认为主管机关对公民申请之拒绝已具备行政处分的一般特征）只是德国部分实务和学者的观点，而非通说。[10]在其余各邦，立法中皆无上述明确规定。
德国另一种较为普遍的观点认为公民创制提案申请之拒绝不属于行政处分，可不经诉愿先行程序而依地方自治团体机关间权限或其行使争议程序处理之。[11]这种观点之所以否定行政处分，而认定为地方自治团体机关间权限或其行使之争议，原因有二：一是公民创制提案申请之拒绝欠缺行政处分要件中的“直接对外发生法律效果”，公民创制提案者在此并非行政处分的相对人，而是公民自己行使立法权，成为特定立法事项或政策的决定者。[12]二是行政处分对外发生的法律效果主要体现于对公民权利或义务的创设，而公民创制提案的准许与否实际上并未赋予或改变公民的法律地位，而系决定其是否有权取代立法或行政机关对特定事项决定的权限。所以，拒绝公民创制提案的性质与一般行政处分中公民和国家间的关系不同，而应视为机关内部或机关间的争议事件，故应以适用地方自治团体机关间权限或其行使争议程序处理。
将公民创制提案申请拒绝之诉定位为机关诉讼，较之以行政处分为前提的课予义务诉讼更具合理性和可行性，在德国学界和实务界得到普遍认可。除了上述的“无对外之法律效果”的理论依据外，还有若干论据可供支持。首先，创制提案的“人民团体”此时具有机关诉讼中的“机关地位”。机关诉讼制度上的机关并非指具有权利能力，亦非指法律上具有独立权能的单位，而是指在组织上具有独立性的单位，其不受机关管领者（Organwalter）更迭之影响，而被赋予管辖权资格，能以自我责任实现组织的功能，故具有功能和制度两个特征。[13]功能特征是指任何机关都具有特定的管辖权，在该管辖权限内完成组织的目标与任务；而制度特征旨在强调有一定的组织和运作机制。对于创制提案的“人民团体”，具有特定的管辖权，即为特定领域内之立法，符合机关的“功能”特质；其在立法提案过程中均有一定的组织和程序机制，如有相应的负责人和提案申请组织流程等，故亦符合机关的“制度”特征。由此，创制提案的“人民团体”具备了机关诉讼的主体条件。其次，创制提案的“人民团体”（根据德国实务界及学界的通说）实质上为一立法机关，具有特定的立法权——有权直接参与宪法所规范国家机关之意志形成，该种权力属于“值得保护的机关权利”（Organsrechte）之范畴，后者为机关在自治领域内依法所享有的该机关及其成员的参决权。这种参决权及其所形成的“参决地位”是各邦立法明定予以保护的。第三，这种受法律保护的自主参决权遭到主管机关（立法机关或受其决定的行政机关）的拒绝，其参决地位亦由此产生动摇，即这种“组织体上的权利”（Organschaftliche Rechte）受到了其他机关的侵害。[14]此外，由于公民投票诉讼在德国地方自治层次属于行政性质而非宪法性质，故在行政法院审判权本质上并无各邦层次公民投票诉讼之宪法性质所决定的“预防性抽象规范审查”之情形下，地方自治层次的公民创制提案申请拒绝之诉，其审查重点固然不可落脚于抽象审查。故有鉴于公民创制提案申请拒绝之诉已符合主体、权利法定、权利受侵害等德国地方自治层次机关诉讼的三个要件，将其适用于地方自治团体机关间权限或其行使争议程序处理，实为合理的定位。
