就认可和执行程序而言，《澳门判决认可和执行安排》只要求当事人提出请求认可和执行的申请书并附生效判决书副本或作出生效判决的法院盖章的证明书及相关文件（如被请求方法院认为已充分了解相关事项时，可免除提交相关文件）；[25]而《香港判决认可和执行安排》则要求当事人同时提交作出终审判决法院盖章的判决书副本和该法院出具的证明该判决为“具有执行力”的终审判决证明书，及经过公证的当事人身份证明。[26]在香港就实施《安排》进行立法后，还要求申请人以誓章方式，提供证据和相关的信息及按照法院命令提供讼费保证；[27]而《澳门判决认可和执行安排》第19条除对讼费和执行费用作出规定外，还特别规定，“申请人在生效判决作出地获准缓交、减交、免交诉讼费用的，在被请求方法院申请认可和执行判决时，应当享有同等待遇。”这一规定所构建的机制将对有需要的当事人从诉讼到执行提供跨法域的保障。
基于对内地可能再审程序的考虑，在《香港判决认可和执行安排》中特别规定了因内地按照审判监督程序而进行再审时，对在香港法院已经开始的认可和执行程序中止，恢复或终止的程序。[28]对于自回归后至《安排》生效前作出的生效判决，当事人因没有有效机制，无法向对方法院申请认可和执行或被对方法院拒绝受理的，《澳门判决认可和执行安排》特别规定了回溯适用条款，使当事人仍可于《安排》生效后再提出申请；[29]而《香港判决认可和执行安排》对此种情况则完全没有作出救济性安排。《澳门安排》中规定了包括公共秩序或社会公共利益在内的6项拒绝认可和执行的理由；[30]而《香港安排》则列举了7项理由，其中包括《澳门安排》中没有的当事人专属管辖权协议无效和判决是以欺诈方法取得的等理由。[31]对于正当司法程序，《澳门安排》只要求当事人得到合法传唤；[32]而《香港安排》还增加了败诉一方当事人虽经合法传唤但没有获得依法律规定的答辩时间的情况[33]。从这些比较可以看出，《香港安排》的相关规定显然是更接近于英美法系的“自然正义”( Natural Justice）的理念。[34]
最后，《香港安排》只规定在执行过程中遇有问题或需修改，由内地最高人民法院和香港特别行政区政府协商解决；[35]而《澳门安排》中，除上述规定外，还要求内地最高人民法院和澳门特区终审法院相互提供相关法律资料及每年相互通报执行《安排》的情况[36]。这一规定无疑使两地法院的互动机制化和常态化。
在《澳门判决认可和执行安排》生效后，澳门法院已处理了一些具体的案件，不仅展现出《安排》实际付诸实施的效果，而且更以司法实践深化了对《安排》的理解与适用。在澳门终审法院2010年2月11日终审判决的一件民事上诉案件中，[37]一方当事人对内地佛山中院一审和广东省高级人民法院终审的判决提出挑战，要求澳门法院以违反程序公正和澳门法律基本原则及公共秩序为由拒绝认可和执行内地的判决。澳门终审法院指出，在认可和执行域外判决中一般原则只是形式性的审查；在上诉人没有提出充分证据时，应认为认可的必要条件已经具备，虽然这并不妨碍法院通过审查案卷或履行法院职能发现问题而拒绝给予认可。在本案中，法院认为上诉人没有提出任何证据证明自己的诉求。另外，当事人在相关交易中以澳门法为准据法，而广东法院在审理时也引用了《澳门民诉法典》的两个条文；但上诉人称，这一引用并没有将相关法律适用于本案事实，说明内地法院完全不了解澳门法律。对此，澳门终审法院通过对案件事实和法律文献的考察认为，“不论（内地法院）是否正确引用了《澳门民法典》第239条，佛山中院针对获认定的事实已正确地适用了澳门法律。”（在本案中即主债权无效，担保债权作为从债权也相应无效的问题）。基于上述，澳门终审法院判定，因为上诉人所提问题不成立，故无须再进一步依照《澳门民诉法典》及《澳门判决认可和执行安排》有关规定考虑违反澳门公共秩序和法律基本原则的问题。[38]
随着《澳门判决认可和执行安排》的完成，内地人民法院的判决在澳门得到认可和执行的体制障碍基本消除了，因此这一互惠机制的建立被认为是一个“成功的实践”，是“两地依据《基本法》协商进行司法协作的重要成果和规范形式。[39]而对香港来说，因为《香港判决认可和执行安排》只适用于当事人以书面形式对内地或香港法院管辖权作排他选择后判决的认可和执行，所以实际上只能涵盖很少一部分争议的判决，甚至在内地香港法律差异大、不确定因素多、互信不足的情况下可能出现”排斥现象“即当事人故意避免签署这样的排他管辖权协议以使《安排》不能适用的情况，因此，在今后一个相当长的时间里，很多涉及内地和香港的民商事判决在香港认可和执行还要如以前一样，依照普通法的方式来进行。[40]从这个意义上说，《香港安排》只是香港内地司法合作中前进的一小步，还有漫长的路要走及不少有挑战性的问题尚未解决。[41]
