民事审判实务中，民事法官往往以民法的具体的公平观念来评断商事行为，未考虑到商法的特性，这在法律判断上本就错误。商法是特别民法（这是主流观点。此处的商法是民法的特别法是指特别法适用于特别的人或事的含义，在此不探讨商法的法律属性。），民法为一般法，应适用特别法，即特别法优先于普通法的适用原则，只有在特别法无规定情况下，才适用普通法规定。审理民事纠纷中的商事案件在适用法律上是商法优先适用，商法优先于普通民法。
在一般民事案件审判中，法官注重以追求实质正义为己任，所以在诉讼模式上采取当事人主义和职权主义混合运用，探究当事人内心世界；而商事案件中，市场主体既然地位平等，意思自治，程序平等，交易规则对任何人都一体适用，加之交易双方对交易规则熟悉、对货物有专业知识，商法所体现的形式正义就是实质正义（商法如果在形式正义基础上刻意追求实质正义，商法就可能向经济法过渡），所以在审判中并不过分探究当事人内心意思，而是看重行为的外部效力和工商登记等公示主义来评判，并且为鼓励交易，不轻易判定行为无效。诉讼中，实行的一般是当事人主义（不是绝对的。正因为这样才有民事案件和民商事案件在诉讼上合一的基础，但应客观承认存在有差异的事实）。
案件类型不同可能影响到具体程序运作也不同。从诉讼作用看，传统民事案件审判是恢复当事人之间的对话，化解纠纷；商事案件审判是迅速、快捷了断纠纷，减少纠纷过程的成本损耗。审判思维上的差异，必然带来审判结果的不同。
刑事审判虽然也有和解政策指向，但范围有限，其主要职能是惩罚犯罪，采取的是训话方式审判。行政审判是规范行政机关依法行政，维护合法权益，为减弱对立，也加强协调，但实行的是监督方式。在审判程序上，三者各不相同。
三、业务分工中存在的主要问题
职能式的内设机构，需要将具有相同技能的人编组去完成明确而又稳定的任务，而团队式的组织是由具备不同技能和不同知识的人组成去完成经常性变动的任务。司法有其自身的特点和规律，不同审判业务庭的设置是按知识分工而设置的，是案件存在不同特点和差异的需要，不能将审判业务庭建构成为团队式组织。
大民事审判格局下，商事案件难以有独立存在的空间，认为都是民事案件，不存在商事案件之说，且对“复合型法官”的片面理解，又受案件数量压力影响等原因，更因社会对司法评价多元化的影响（规则成为僵化、吊板的同义语），基层法院普遍采取了平摊工作量的做法，民一、二庭不分案件类型，轮流接办。这种做法虽暂时缓解了案件数量多的压力，但却将造成长期的、难以弥补的损失。
