其次，能否完全实现“去官化、去行政化”的理想愿景？虽然南科大在其《管理暂行办法》中明确写入教授治学、学术自治的原则，但是南科大的现实地位其实已经完全背离了其建立与未来发展的初衷。党委领导、政府控制、副校长正局级待遇等等都使这所人们报以厚望的独立大学增加了不少官化、行政化的色彩。虽然南科大第一批学生成功拒绝高考，但是南科大目前仍然没有获得教育部的招生许可证，其学生文凭在体制内得不到承认，深圳市政府为南科大公选局级副校长的行为已经表明南科大的“去官化、去行政化”已被举办者所否定。在“招安”与“拒绝招安”的博弈中谁会最终胜出，形势仍不明朗。
最后，也是最重要的一个问题就是深圳市政府能否为南科大的正常运营持续提供足够的资金支持？南科大管理办法中虽然明确鼓励社会捐款，但目前仍然是以政府财政拨款为主。在南科大师资力量介绍中南科大表示其师资一半以上由海外引进并形成具有竞争力的工资待遇机制，为建成国际知名的高水平新型科技大学提供师资保障。强大的师资队伍必须以雄厚的资金支持为后盾，而深圳市政府对南科大的支持能否在制度上保证有较好的连续性，会不会出现因为领导人的更换而改变政策的尴尬局面？
其实，任何改革之所以是改革就是突破已有的框架体制走一条与传统不相契合的道路。改革本身就是一个围城式的悖论：如果对改革过分放权，就会突破已有的制度框架；如果不突破已有的制度框架，就无所谓真正意义上的改革。真正的改革，需要决策者具有极大的魄力、勇气，更需要舍我其谁的霸气。如果深圳市政府有足够大的决心、社会对南科大有足够的物质支持，即使没有教育部的“尚方宝剑”南科大依然会有强大的市场适应能力，其毕业学生即使没有教育部的大印最终也会被市场所认可。放眼世界，真正的一流名校都是自主授予学位，而我国由教育部授予学位的制度本身就是计划经济时代的产物，从这一点来说南科大是走出了中国计划体制的牢笼，为其与世界接轨迈出了关键性一步。现在最关键的是政府相关部门能否放下官大爷的姿态，转变政府职能，提高服务能力，认清时代趋势，为高校改革提供足够的空间。
何况还有那些被卷入改革的孩子们。现在，南科大的每一步对那些孩子们来说都是狂风暴雨般的困难和挑战，我们谁也不想面对改革失败后孩子们无书可读的风险，而我只能说：时光如水，只是无情；你若安好，便是晴天。
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