第二是贪污一词的范围上。《澳门刑法典》并未将贪污作为一种犯罪，其范围大致包括受贿作不法行为、受贿作合规范之行为、行贿、公务上之侵占、公务上之侵占使用、在法律行为中分享经济利益等罪名。由此看出，它的贪污一词与香港地区的规定相似，有较广泛的含义(香港的贪污一词兼有贿赂的含义，国际反贪污大会所使用的贪污一词指包括贿赂在内的腐败行为)。根据内地刑法，贪污是刑法分则中的一个具体罪名，而刑法分则第八章中的贪污贿赂罪则包含12个罪名，其中一些罪名与澳门刑法无法对应，如单位受贿、单位行贿、巨额财产来源不明、隐瞒境外存款等。
第三是在犯罪行为的构成上。根据澳门刑法的规定，收受非财产利益也可能构成受贿作不法行为或受贿作合规范之行为两种犯罪，而根据内地刑法，收受非财产性利益是不能构成受贿罪的。
上述罪名及其构成上的差异形成了合作上障碍，一是在犯罪嫌疑人的“移交”过程中，参照国际惯例，涉及“双重犯罪”原则的适用问题，按照该原则，引渡或类似于引渡的罪犯移交，必须是在请求方与被请求方根据各自的法律均作出有罪的判断后方能进行，而罪名以及构成上的差异可能导致被请求方作出无罪判断，从而拒绝引渡或移交。二是罪名的差异，在内地会导致侦查权的归属不同，贪污贿赂犯罪，由人民检察院行使侦查权，职务侵占罪或公司、企业人员受贿罪则由公安机关行使侦查权，这样，不管是澳门方请求协助还是大陆方请求协助，都会造成参与的部门过多，协调工作量加大，增加协商及合作难度。
(二)在犯罪嫌疑人的移交上，一些问题难以协商
首先是“移交”与“引渡”的名称问题。为了捍卫国家主权原则，澳门回归前，粤澳两地的司法协作中均采用“移交”一词而不用“引渡”一词，然而这种移交又有国际间众多引渡的因素存在。问题在于引渡的存在是以双边签有引渡协议或参加有共同的引渡方面的国际条约为前提，中葡两国在刑事司法协助方面没有双边协议，而中国大陆与澳门之间因主权上有隶属关系，也不可能签署所谓“国际协议”，这就使得大陆与澳门之间带有引渡因素的“罪犯移交”一直未能形成文字依据，成为遗留问题。
