从上文分析可以得出结论，学界对该问题的探讨已初见成效，但仍有诸多问题还有待进一步深入，尤其是该问题的基本理论依据问题。下文将作进一步论述。
二、理论依据分析：解决该问题需要明确三个基本理论问题
解决该问题的理论依据有很多，但笔者认为以下三点尤为重要，具体分述如下：
1.明确该类问题法律属性以确定解决问题的基本路径。
界定该问题性质的意义是在于寻求解决问题的路径。将行政行为看作民事诉讼证据或者是作为附属问题或先决问题加以讨论，{23}[4]实际上是将该问题定性为诉讼法问题。坚持附带诉讼或合并审理的观点实际上是把该问题看作了一个司法体制问题；而强调行政行为的公定力实际上是将该问题定性为实体法问题。笔者认为，该类问题虽然涉及“程序问题、实体问题和司法体制问题”{14}三个方面，但我们更应该从程序法角度寻找该问题的解决方案，尤其是诉讼法角度。从诉讼法角度分析我们也不难发现，并不能将民事诉讼中的行政行为简单定性为民事争议的一个诉讼证据或者是先决问题；处理行政行为，还涉及到民事审判权与行政审判权之间的主管权限划分，司法权审查行政行为的范围以及判决效力之间的协调等诸多诉讼法问题。
从司法实践来看，并非仅因为行政争议与民事争议之间关系复杂性，诉讼程序制度不完善更是引发关联案件诉讼程序混乱、效率低下的直接原因。其中，民事审判权性质的不明确、民事审判权与行政审判权之间缺少协调机制以及民事审前程序制度不完善等则是直接引发判决效力冲突、诉讼程序混乱等局面的重要原因。为学界所普遍关注的一起“超级马拉松诉讼”经过“两种诉讼，三级法院，十年官司，先后18份裁判文”不无是我国诉讼机制之间缺乏协调机制的有力证明。{14}若司法机关之间权限明晰、高效、协调，司法混乱问题将会大大缓解。这是其一；其二，通过修正现有司法体制审理案件（主要指上文所述采用附带诉讼或合并审理的方式）也存在弊端。因为，仅为了关联案件而调整民庭与行政庭之间的权限划分并不能从根本上消解双轨制所引发的权限划分与协调问题。况且，即使是采用一元审判体制的英美法系国家也强调民事审判与行政审判权限之间的明确划分；其三，该问题涉及实体法问题，但归根结底还属于一个诉讼程序问题。例如，解决该问题需要考虑行政行为的效力问题。但行政行为的效力问题在诉讼过程中实际上可以转化为民事审判权的审查范围和方式问题来加以讨论。
强调该问题诉讼程序法性质的意义还在于，人们解决该类问题并不能以牺牲程序价值为代价寻求解决方案。从诉讼法相对于实体法独立价值的角度考虑，法庭并不能以实体案件的复杂性为借口简化诉讼程序，尤其不能仅仅因为案件已经送达具体法院，就以“提高诉讼效率”、“减少当事人诉累”为借口，否定其它有权机关的主管权限或管辖权。如果诉讼程序的独立价值得以否定，无异于否定诉讼法存在的必要性，这必将会影响到司法权威和司法秩序的稳定性，从而诱发法官的专权和任意性现象的发生。
2.理顺行政行为与民事争议之间的诉讼系属关系以寻求解决问题的具体方案。
由于关联案件的复杂性，对其加以分类以确定适用何种诉讼程序确有必要。但笔者并不赞同某些学者依据实体法规则划分关联案件的观点，而是主张依据诉讼法规则加以分类。对此，我们尤其需要加强个案研究，理顺具体案件中民事争议与行政争议之间的诉讼系属关系，并将之纳入到不同诉讼案件类型中来。对此，学界已有所讨论。例如，有学者讨论，行政认定事实对民事诉讼的影响、{24}{25}{26}{27}行政确认行为对民事诉讼的约束力、{28}行政登记行为对民事诉讼的约束力、{29}有行政裁决行为对民事诉讼的约束力、{30}有关行政民事交叉劳动争议案件的处理，{31}等等。从这些观点中可以看出，学界已经意识到不同案件中（如涉及行政确认行为与涉及行政裁决行为的案件）中民事争议与行政争议之间的诉讼系属关系存在差异，但并没有深入研究如何将之归类问题。
